Uniprot数据库是Universal Protein的英文缩写,是信息最丰富.资源最广的蛋白质数据库. UniprotKB由两部分组成: UniProtKB/Swiss-Prot 高质量的.手工注释的.非冗余的数据集,这些数据都是由质量保证的. UniProtKB/TrEMBL 该数据集包含高质量的计算分析结果,需要我们手工注释.     当我们搜索蛋白质时,就会如下显示多个蛋白质的信息:   Entry:是Uniprot给每个蛋白质赋予的独一无二的ID Entry name:是蛋白ID的简

http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术   第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动态网页开发技术,要用它完成实践项目工程的开发,需要掌握的知识点比较多.为了让读者对JSP这一开发技术的知识体系有个全面.清晰的了解,为后续的学习打下基础,本章将首先讲述作为一名JSP程序员应该掌握的技术知识体系和本书的内容安排.接着,对JSP技术进行了简要的介绍,使读者了解JSP技术的功能和优势.读

Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 数据库的异同 有的文章在做DEG分析时,会把reads比对到RefSeq的转录组上.我也没搞清楚这和直接比对到常规转录组上有什么区别. 文章:Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Changes in lncRNA Expression during Reprogramming 方法:For differential expression analysis, we aligne

Uniprot 数据库是收录信息最全面的蛋白质数据库,包含swissport, uniparc, TrEMBL 3个子数据库: 其中swiss-prot 是手工核对过的 ,非冗余, 有详细注释信息的蛋白数据库,也是最常用的数据库: 该数据库收录了不同物种的蛋白信息,以人类为例, 数据库中可以看到如下的信息: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=*&fil=organism%3A%22Homo+sapiens+%28Human%29+%5B9606%5D%2

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a

最早关注蛋白质互作网络,是在来GDMC第一年的时候,中间停了半年看互作-各种算法,网络分析停滞不前,没想到搞到最后,还是和网络碰到了一起,我总是会潜意识走近给自己第一印象不错的object,包括人.用PPI来做证据,当然要选择证据性最强的网站,先列表如下:1. DIP (database of interacting proteins)    http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi 在页面点击   Search by:[protein] [sequenc

Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库 refseqRefSeq protein sequences from NCBI’s Referenc

转自:http://www.biotrainee.com/thread-411-1-1.html 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accession number GLA, GLB, UG

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol; 数据库的主页为 http://www.genenames.org/ 对于每个human的基因来说,在HGNC数据库中会有一个数字标识的唯一ID, 也会有一个唯一的symbol, HCNC数据库提供了免费下载的功能: 下载对应的链接,命令为 lftp

原文来源:x2yline在生信进化树上的评论,http://www.biotrainee.com/thread-626-1-1.html Ensemble( ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 )能够对人类基因自动进行注释,包括人类,小鼠,斑马鱼,猪和大鼠等,也包括来自HAVANA的人工注释信息.Ensembl是一项生物信息学研究计划,旨在开发种能够对真核生物基因组进行自动注释(automatic annotation)并加以维护的软件系统.该计划由英国Sanger研究所

最近用到蛋白质序列数据,但是才发现蛋白质的编号主要分为两种:一种是ENSP开头,主要是在ensembl数据库查询asia.ensembl.org/Human/Search:而另一种是uniprot.www.uniprot.org/uniparc 另外还有几个非常有用的网站提供了大量资源. string-db.org/cgi/input.pl comppi.linkgroup.hu/protein_search biogps.org

Uniprot,全名Universal Protein,其整合了Swissprot.TrEMBL和PRI-PSD三大数据库,是目前使用非常广泛的蛋白质数据库 常规物种的蛋白质组学研究一般会使用Uniprot数据库的蛋白序列作为查库序列,因此蛋白组学的结果常以uniprot ID作为识别ID,而且Uniprot数据库还与其他公共库进行了关联,丰富了蛋白相关的信息 这里主要是对Uniprot的API进行一个小结.之前略微了解过KEGG的API,能非常方便的通过URL以及编程命令轻松访问KEGG数据库

生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部比对. PSI-BLAST最灵敏的BLAST,选中部分矩阵后在数据库中查找相应蛋白. PHI-BLAST找氨基酸motif ,参数有-db 数据库,-query 输入文件,-cut输出文件 Ensembl模式生物数据库:biomark UCSC genome browser,各种基因组参数:CG content等可以展开. Ebi:ensembl也在其中. 一个gene: DNA水平:基因名字UCSC找位置

生物医学大数据: SRA:Sequence Read Archive (SRA) makes biological sequence data available to the research community to enhance reproducibility and allow for new discoveries by comparing data sets. 其中的reads是短reads,下机后得到的初级数据,是一次数据库,起到store的作用,该数据库最重要的是反应深度测序的

1. 建库连库 连接MySQL数据库需要安装支持 npm install mysql 我们需要提前安装按mysql sever端 建一个数据库mydb1 mysql> CREATE DATABASE mydb1; mysql> SHOW DATABASES; +--------------------+ | Database | +--------------------+ | information_schema | | mysql | | mydb1 | | performance_sch

一.使用Raw文件夹下的数据库文件 在使用GreenDao框架时,数据库和数据表都是根据生成的框架代码来自动创建的,从生成的DaoMaster中的OpenHelper类可以看出: public static abstract class OpenHelper extends SQLiteOpenHelper { public OpenHelper(Context context, String name, CursorFactory factory) { super(context, name,

在这一章中,我们将直接进入项目,并且为产品和分类添加一些基本的模型类.我们将在Entity Framework的代码优先模式下,利用这些模型类创建一个数据库.我们还将学习如何在代码中创建数据库上下文类.指定数据库连接字符串以及创建一个数据库.最后,我们还将添加视图和控制器来管理和显式产品和分类数据. 注意:如果你想按照本章的代码编写示例,你必须完成第一章或者直接从www.apress.com下载第一章的源代码. 2.1 添加模型类 Entity Framework的代码优先模式允许我们从模型类创

最近在搞一个电商系统中由于业务需求,需要在插入一条产品信息后返回产品Id,刚开始遇到一些坑,这里做下笔记,以防今后忘记. 类似下面这段代码一样获取插入后的主键 User user = new User(); user.setUserName("chenzhou"); user.setPassword("xxxx"); user.setComment("测试插入数据返回主键功能"); System.out.println("插入前主键为:

在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 --SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 create proc spFind_Column_In_DB ( @type int,--类型:1为文字类型.2为数值类型 )--需要搜索的名字 ) as --创建临时表存放结果 create table #tbl(PK int identity primary key ,tbl sysname,col sysname) ),) begin declare curTable cursor fa