作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件. 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵.参考:生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值,方差. 看看一些生物学意义特殊的基因表现如何,比如GAPDH,β-ACTIN等等. [1]安装计数软件:htseq-count # conda安装 $ conda install -c bioconda

长链非编码RNA(lncRNA) 转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_909da11301010bkz.html     长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控.转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平. lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能.然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组

HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data.自发布以来就备受广大分析人员青睐,其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使用,同时也兼顾着给小白们提供了两个可以拿来可用的可执行文件 htseq-count(计数) 和 htse

一些参考资料 http://www.360doc.com/content/17/0528/22/19913717_658086490.shtml https://www.cnblogs.com/triple-y/p/9338890.html 一.对miRNA进行分析  1.bowtie比对 "bowtie -q -v 2 -l 10 -k 15 /data/pub/shehb/Spinach_genome/spinach_genome_v1.fa "+fq+" -S &quo

一.Jellyfish简介 JELLYFISH是CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件.该软件运用 Hash 表来存储数据,同时能多线程运行,速度快,内存消耗小.该软件只能运行在64位的Linux系统下.其文章于2011年发表在杂志 Bioinformatics 上. 二.Jellyfish安装 123

一.GTF文件格式 Fields must be tab-separated. Also, all but the final field in each feature line must contain a value; "empty" columns should be denoted with a '.' 1.seqname - name of the chromosome or scaffold; chromosome names can be given with or w

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT

DNA motif 搜索算法总结 2011-09-15 ~ ADMIN 翻译自:A survey of DNA motif finding algorithms, Modan K Das et. al., BMC Bioinformatics 2007, 8(suppl 7):S21 dio:10.1186/1471-2105-8-s7-s21 DNA功能域(motif)简单地讲就是一段特定模式的DNA序列,它之所以可以具有生物学功能是因为它的特殊序列可以和调控蛋白结合,比如转录因子,从而可以在

1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f

Gff文件格式 gff格式是Sanger研究所定义,是一种简单的.方便的对于DNA.RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式,已经成为序列注释的通用格式,比如基因组的基因预测,许多软件都支持输入或者输出gff格式.前格式定义的最新版本是版本3.原始定义见SONG websitegff是存文本文件,由tab键隔开的9列组成,以下是各列的说明: Column 1: “seqid”序列的编号,编号的有效字符[a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-|]Column 2: “source”注释信

BZOJ 1064: [Noi2008]假面舞会 Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 1655  Solved: 798[Submit][Status][Discuss] Description 一年一度的假面舞会又开始了,栋栋也兴致勃勃的参加了今年的舞会.今年的面具都是主办方特别定制的.每个参加舞会的人都可以在入场时选择一 个自己喜欢的面具.每个面具都有一个编号,主办方会把此编号告诉拿该面具的人.为了使舞会更有神秘感,主办方把面具分为

转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_8088f3700101pab7.html 权威发布:长链非编码RNA命名规则 对于人类基因命名标准的制定而言,雨果基因命名委员会(HGNC)是唯一官方授权的机构.HGNC的数据库中有38000个基因名称,其中大部分是编码蛋 白基因:但HGNC也命名了8500多个人类非编码基因及假非编码基因,通过与各层次专家们的合作,他们命名了大多数的小非编码RNA. 小非编码RNA一般可根据它们的同源性及相同功能来分类.相比而言,长链非编码R

今天来说说程序员小猿和产品就关于需求发生的故事.前不久,小猿收到了产品的需求. 产品经理:小猿,为了迎合大众屌丝用户的口味,我们要放一张图,要露点的. 小猿:......露点?你大爷的,让身为正义与纯洁化身的我做这种需求,还露点. 产品经理:误会误会,是放一张暴露一点点的,尺寸不大. 小猿:尼玛~能说清楚些吗,需求模棱两可的.不干,我要上报boss. 产品经理也一阵无语,这豆丁的事还上报boss.话说这上报也得走程序是吧,技术经理就不干了,"凭什么要跳过我,得经过我才能到boss".咦

U5442 买 题目提供者bqsgwys 标签 树形结构 树的遍历 洛谷原创 题目背景 小E是个可爱的电路编码员. 题目描述 一天小E又要准备做电路了,他准备了一个电路板,上面有很多个电路元器件要安装,于是他跑到了村口某电子城去买.小E详细查看了某电子城的地图,发现自己要去地下一层,共有N个摊铺,任意两个摊铺之间由道路直接或间接相连,一共N-1条道路,道路是双向的.小E一开始处于1号摊铺的位置,由于电子城里很挤,他想走的尽量少. 输入输出格式 输入格式: 第一行一个整数N,代表摊铺的数目. 接下

在Javascript中,万物皆对象,但对象也有区别,大致可以分为两类,即:普通对象(Object)和函数对象(Function). 一般而言,通过new Function产生的对象是函数对象,其他对象都是普通对象. 举例说明: function f1(){ //todo } var f2 = function(){ //todo }; var f3 = new Function('x','console.log(x)'); var o1 = {}; var o2 = new Object();

原型链理解起来有点绕了,网上资料也是很多,每次晚上睡不着的时候总喜欢在网上找点原型链和闭包的文章看,效果极好. 不要纠结于那一堆术语了,那除了让你脑筋拧成麻花,真的不能帮你什么.简单粗暴点看原型链吧,想点与代码无关的事,比如人.妖以及人妖. 1)人是人他妈生的,妖是妖他妈生的.人和妖都是对象实例,而人他妈和妖他妈就是原型.原型也是对象,叫原型对象. 2)人他妈和人他爸啪啪啪能生出一堆人宝宝.妖他妈和妖他爸啪啪啪能生出一堆妖宝宝,啪啪啪就是构造函数,俗称造人. 3)人他妈会记录啪啪啪的信息,所以可

Js中通过原型和原型链实现了继承 Js对象属性的访问,首先会查找自身是否拥有这个属性 如果查到,则返回属性值,如果找不到,就会遍历原型链,一层一层的查找,如果找到就会返回属性值 直到遍历完Object.prototype还没有找到,则返回undefined 对象中有:__proto__(原型),函数也是对象,所以也有__proto__ 构造函数中有:prototype对象,默认有一个叫做constructor的属性,指向这个构造函数本身. 对象的__proto__(原型)引用了创建这个对象的构造

一.责任链模式的介绍 责任链模式用简单点的话来说,将责任一步一步传下去,这就是责任,想到这个我们可以相当击鼓传花,这个是为了方便记忆,另外就是我们在项目中经常用到的审批流程等这一类的场景时我们就可以考虑是否可以使用责任链模式.下面的介绍将会按照这个审批的例子写Demo: 二.责任链模式的Demo //采购请求    public class PurchaseRequest    {        //金额        public double Amount { get; set; }    

一.概述 职责链模式(Chain of responsibility),就是使多个对象都有机会处理请求,从而避免请求的发送者和接受者之间的耦合关系.将这个对象连成一条链,并沿着这条链传递该请求,直到有一个对象处理他为止. 貌似和数据结构中的链表一样. 但,不要搞混了,职责链可不等于链表哦,因为职责链可以在任何一个节点开始往下查找,而链表,则必须从头结点开始往下查找. 比如,DOM事件机制中的冒泡事件就属于职责链,而捕获事件则属于链表. 该篇博客原文地址:http://www.cnblogs.co

本人亲测有效,原创文章哦~~~ 论坛黑链非常的麻烦,如果你的论坛有黑链,那么对不起,百度收录了你的黑链,不会自动删除,需要你手动去清理. 什么是黑链 黑链,顾名思义,就是一些赌博网站的外链,这些黑链相当的麻烦,因为百度收录了它们,会降低你的百度权重,甚至K站,如果你用的是国内的空间或者域名,被查到了还可能封站,所以 这个非常的令人头疼,本文通过几个不同的角度,来告诉你怎么清黑链. 找到黑链的源头 我们先要知道黑链的源头究竟在哪里?黑链就像蟑螂,蟑螂喜欢油烟子,喜欢待在厨房里,滋生在下水道里面,无