Cell Ranger是一个"傻瓜"软件,你只需提供原始的fastq文件,它就会返回feature-barcode表达矩阵.为啥不说是gene-cell,举个例子,cell hashing数据得到的矩阵还有tag行,而列也不能肯定就是一个cell,可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是10xgenomics提供的官方比对定量软件,有四个子命令,我只用过cellranger count,另外三个cellranger mkfastq.cellranger aggr.cellra

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以

系列目录    [已更新最新开发文章,点击查看详细]  一.STEP标准简介 STEP,它是Standard for the Exchange of Product model data的缩写.产品数据交换标准STEP (Product data exchange standard STEP) 指国际标准化组织(ISO)制定的系列标准ISO 10303 <产品数据的表达与交换>.这个标准的主要目的是解决制造业中计算机环境下的设计和制造(CAD/CAM)的数据交换和企业数据共享的问题.中国陆续将

细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014) 在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换.最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞.此外,细胞在受到外界刺激或扰动时,细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化,从而呈现出一系列状态的转换. 这些特别提一下,细胞状态(cell state)和细胞亚型(cell subtype)是两

使用notepad++/excle快速将cvs文件转换为insert语句技巧以及注意点 业务场景 最近nc项目经理从第三方弄来了一个300w行的csv文件,让导入数据库做处理,出现了下列问题: csv文件中的字段分隔符,默认使用,进行分隔的,insert的字段个数必须和插入字段的个数对应上,错误的原因就是:存储的问题子当中,有用,分隔的内容,导入的时候导致多一个字段,每次导入一部分就出错. 注意事项/问题: 文件过大,excle/notepad++均无法打开,使用linux工具对文件进行按行拆分

单细胞测序 单细胞基因组学 测量理由是单细胞的时间空间特异性. Gene expression&co-expression 比较正常cell与疾病cell,正常organ与疾病organ,看出偏差. 分离单细胞,破碎细胞,RNA逆转录,测量cDNA. Eg:BAC扩增,可以实现bias很小的的genome,genome质量高. Eg:对sperm cell进行single cell, Eg:oocyte与sperm结合后,可以对过程中丢弃的部分进行single cell. 如果父源或母源中任何一

Pdf(Portable Document Format)意为“便携式文档格式”,是现在最流行的文件格式之一,它有很多优点如:尺寸较小.阅读方便.操作系统平台通用等,非常适合在网络上传播和使用.如今在我们的日常生活中已随处可见PDF文件的身影,例如产品说明.电子图书.网络资料.电子邮件等,PDF文件已被越来越多的人使用.但在使用过程中,我们会发现一个问题,那就是我们很难对PDF文件进行文本和格式编辑.而一直以来,MS Word 都是最流行的文字处理程序.因此有些时候为了方便编辑,我们通常会将PD

将Excel文件转换为HTML 背景 我的工作有时会涉及到财务数据的处理.我们大家都知道,Excel文件在处理数据中很流行并且被广泛使用.Excel让我们可以将存储在里面的数据进行数学计算.我在工作中使用很频繁.但是当展示数据时,直接用Excel并不是特别好.我想用其他格式的文件来向我的用户展示.Html是我比较喜欢的.所以我要用一些方法把Excel转换成Html.我在网上找了个免费的应用库来满足我的需要那就是 - Spire.XLS.点击这里下载. 介绍 Spire.XLS是一个基于.NET的

一:环境搭建 OpenOffice 下载地址http://www.openoffice.org/ JodConverter 下载地址http://sourceforge.net/projects/jodconverter/files/JODConverter/ 解压后将目录下的所有jar包放在工程的lib下面或者采用引用的方式调用这些jar包. 下载后安装,我安装的路径为D:/openOffice/install/ 二:启动服务 可以通过cmd调用服务, " cd D:/openOffice/i

其实只是做了简单封装,可以方便进行批量转换. 获取Svg对象坐标的代码请看:根据svg节点对象类型和路径值转换坐标值, DrawingColor方法是进行颜色填充的. /// <summary> /// svg文件转换为图片 /// </summary> /// <param name="svgContent">svg内容</param> /// <param name="svgFile">svg文件<

Excel文件转换为html静态网页:右键另存为:

在工程计算相关项目中,常常利用Matlab来完成计算.算法.绘图等功能.使用Matlab来完成这些功能非常简单,Matlab提供的m编程语言功能强大,代码量少.为了在自己的C/C++项目中加入这些功能,需要一系列繁琐的过程,令很多人望之却步.主要的困难在于: l         如何从m文件生成VC可用的C/C++代码: l         如何设置编译参数,在VC中编译这些代码: l         如何在C/C++语言中设置输入输出参数,使之与M代码生成的C++代码一同运行: l      

原文:SharePoint 2013 中将 HTML文件转换为母版页 SharePoint 2013提供了很多新功能,下面我们看看将Html页面,转换为母版页的功能.这个功能更加方便设计人员设计母版页,并实施到sharepoint中去,是一个非常不错的功能.来来来,进入正题!~ 1. 首先,新建一个Html页面,效果如下图: 预览效果: 2. 将这个html页面上传到sharepoint,我选择上传到“母版页样式库”: 3. 我选择作为“设计文件”上传,当然你也可以选择其他的文件类型: 4. 上

iText简介 iText是著名的开放源码的站点sourceforge一个项目,是用于生成PDF文档的一个java类库.通过iText不仅可以生成PDF或rtf的文档,而且可以将XML.Html文件转化为PDF文件. iText的安装非常方便,下载iText.jar文件后,只需要在系统的CLASSPATH中加入iText.jar的路径,在程序中就可以使用iText类库了.   1.包的引用 import java.io.FileNotFoundException; import java.io.

使用VirtualBox把IMG文件转换为VDI文件 首先确保已安装VirtualBox. 需要使用的命令: 语法:$ VBoxManage convertdd input.img output.vdi$ VBoxManage convertdd input.img output.vdi 示例:$ VBoxManage convertdd eos3.0.base.img eos.vdi$ VBoxManage convertdd eos3.0.base.img eos.vdi 根据转换文件大小,

php从数据库中取二进制流文件转换为图片,图片以二进制流存入数据库实现 function data_uri($contents, $mime) { $base64 = base64_encode($contents); return ('data:' . $mime . ';base64,' . $base64); } 调用 //获得头像路径 function getpicsrc() { $db=new db(); $sql="select * from pictable"; $res

package com.um.banks.xinlian.utils; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.io.OutputStream; import sun.misc.BASE64Decoder; import sun.m

参考: Graphviz: How to go from .dot to a graph? 将 Graphviz .dot 文件转换为其他格式的图像 在Linux系统下,使用以下命令: dot -Tpdf filename.dot -o outfile.pdf 其中,通过-Tpdf和-o参数指定输出文件名及格式. 此外,在Windows系统下可以通过GVEdit工具转换,参考 http://www.graphviz.org/Documentation.php . 2018.3

# -*- coding: cp936 -*- #python 27 #xiaodeng #python之模块py_compile用法(将py文件转换为pyc文件):二进制文件,是由py文件经过编译后,生成的文件. #办法一: import py_compile #加r前缀进行转义 py_compile.compile(r'D:\test.py')#py文件完整的路径. 办法二: #cmd命令符下操作步骤1.打开cmd,切换到 cd c:\\python34 2.运行 1)python -m p

JAVA文件转换为Base64 import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileOutputStream; import sun.misc.BASE64Decoder; import sun.misc.BASE64Encoder; public class FileToBase64 { /** * <p>将文件转成base64 字符串</p> * @param path 文件路径 * @