之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools usage: Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary sta

Linux统计文件数量 ls -l | grep "^-" | wc -l “^-”  一般文件 “^d” 目录文件 shell/vim中^表示开头 cat repatterns | grep -P "th$"匹配结尾关键字 wc -c一个汉字占三个字节.

Linux统计文件数量 ls -l | grep "^-" | wc -l “^-”  一般文件 “^d” 目录文件 shell/vim中^表示开头 cat repatterns | grep -P "th$"匹配结尾关键字

Linux 统计文件数 linux统计当前目录下文件数 ls -l |grep "^-"|wc -l linux统计当前目录下文件(包括子文件夹下的)数 ls -lR|grep "^-"|wc -l linux统计当前目录下文件夹(目录)数 ls -l |grep "^d"|wc -l linux统计当前目录下文件夹(目录)数(包括子文件夹) ls -lR|grep "^d"|wc -l ls -l 长列表输出当前文件夹下文件

统计指定后缀名的文件总个数命令: find . -name *.cpp | wc -l 统计一个目录下代码总行数以及单个文件行数: find . -name *.h | xargs wc -l linux统计文件夹中文件数目 第一种方法: ls -l|grep “^-”|wc -l ls -l 长列表输出该目录下文件信息(注意这里的文件,不同于一般的文件,可能是目录.链接.设备文件等).如果ls -lR|grep “^-”|wc-l则可以连子目录下的文件一起统计. grep ^- 这里将长列表输

ls -lR|grep "^-"|wc -l Linux 统计某个字符串出现的次数 - ywl925 - 博客园 https://www.cnblogs.com/ywl925/p/3947778.html

ls命名 man ls -R 递归列出全部的目录内容 recusive -a 列出所有的文件(包括以 . 开头的隐藏文件) all -r 逆序排列 reverse -t 按照时间信息排序 time -S 按照文件大小,大的在前面 文件按照从大到小排序 ls -S 从小到大 ls -Sr Linux统计文件夹内的文件夹个数: ls -l | grep "^-d" | wc -l ls -l 是以行的形式展现文件夹内所有内容 grep "^-d"  grep是过滤ls

转载:http://www.ctohome.com/FuWuQi/1b/688.html sysstat 工具简介 sysstat 是 Linux 系统中的常用工具包.它的主要用途是观察服务负载,比如CPU和内存的占用率.网络的使用率以及磁盘写入和读取速度等. sysstat 工具包中包含两类工具: 即时查看工具:iostat.mpstat.sar 累计统计工具:sar 也就是说,sar 具有这两种功能.因此,sar 是 sysstat 中的核心工具. 为了实现 sar 的累计统计,系统必须周期

常用命令 du -h --max-depth=1 |grep [TG] |sort   #查找上G和T的目录并排序 du -sh    #统计当前目录的大小,以直观方式展现 du -h --max-depth=1 |grep 'G' |sort   #查看上G目录并排序 du -sh --max-depth=1  #查看当前目录下所有一级子目录文件夹大小 du -h --max-depth=1 |sort    #查看当前目录下所有一级子目录文件夹大小 并排序 du -h --max-depth

转载自 http://www.07net01.com/linux/centos_Linux_tongjimougewenjianjiazhanyongkongjiandaxiao_12510_1346373058.html 1.查看当前文件夹下面各个文件的大小 ll -lh 2.查看某文件夹占用总的空间大小 du -h --max-depth=1 /usr/local/ 8.0K    /usr/local/etc8.0K    /usr/local/include275M    /usr/lo

mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >>

转载一个shell统计linux系统中每个程序的内存使用情况,因为内存结构非常复杂,不一定100%精确,此shell可以在Ghub上下载. [root@db231 ~]# ./memstat.sh Private + Shared = RAM used Program 540.78 mb + 175.56 mb = 716.35 mb oracle(25) 24.50 mb + 327.00 kb = 24.82 mb iscsiuio 15.37 mb + 341.00 kb = 15.70

查看统计当前目录下文件的个数,包括子目录里的. ls -lR| grep "^-" | wc -l Linux下查看某个目录下的文件.或文件夹个数用到3个命令:ls列目录.用grep过虑.再用wc统计.举例说明:1.查看统计当前目录下文件的个数 ls -l | grep "^-" | wc -l 2.查看统计当前目录下文件的个数,包括子目录里的. ls -lR| grep "^-" | wc -l 3.查看某目录下文件夹(目录)的个数,包括子目录

sort +awk+uniq 统计文件中出现次数最多的前10个单词 实例 cat logt.log|sort -s -t '-' -k1n |awk '{print $1;}'|uniq -c|sort -k1nr|head -100.csharpcode, .csharpcode pre { font-size: small; color: black; font-family: consolas, "Courier New", courier, monospace; backgro

二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of

方法1:使用wc -L命令 wc -L可以获取到当前行的长度,因此对于单独行的字符串可以用这个简单的方法获取,另外wc -l则是获取当前字符串内容的行数. echo 'abc' |wc -L 注意:这里是大写的L 方法2:expr length string 使用expr length可以获取string的长度 expr length 'abc' 方法3: awk获取域的个数,但是如果大于10个字符的长度时是否存在问题需要后面确认 echo 'abc' |awk -F '' '{print NF

Linux wc命令用于计算字数. 利用wc指令我们可以计算文件的Byte数.字数.或是列数,若不指定文件名称.或是所给予的文件名为"-",则wc指令会从标准输入设备读取数据. 语法 wc [-clw][--help][--version][文件...] 参数 -c或--bytes或--chars 只显示Bytes数. -l或--lines 只显示列数. -w或--words 只显示字数. --help 在线帮助. --version 显示版本信息. 实例 在默认的情况下,wc将计算指

今日思语:迷茫的时候,看看身边那些优秀的人,他们还在那么努力,或许你就可以有点方向和动力了 在linux系统中,我们经常会对文件做行数统计,可以使用如下命令 wc -l file #file为具体的文件 示例统计test.txt文件行数: 原文件 统计 其中9就是文件的行数,第二个为文件名 附注: 可以使用awk获取第一个结果,{print $1}要用单引号括起来,不能是双引号 也可以获取最后一个值

Linux查看网络即时网速 sar -n DEV 1 1代表一秒统计并显示一次 在Linux下还有两个工具可以实时的显示流量信息 一个是iftop 另一个是nload.

目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/FastqCount 统计指标包括: Total Reads Total Bases N Bases Q20 Q30 GC 2. 使用 压缩文件可搭配pigz使用更香. 单个fastq(.gz)文件: ./FastqCount input.fastq 多文件: pigz -dc R1.fastq.gz R2

# 查看当前目录下的文件数量(不包含子目录中的文件) ls -l|grep "^-"| wc -l # 查看当前目录下的文件数量(包含子目录中的文件) 注意:R,代表子目录 ls -lR|grep "^-"| wc -l # 查看当前目录下的文件夹目录个数(不包含子目录中的目录),同上述理,如果需要查看子目录的,加上R ls -l|grep "^d"| wc -l # 查询当前路径下的指定前缀名的目录下的所有文件数量# 例如:统计所有以“2016