clusterProfiler没有显性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数. 核心函数就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data("org.Hs.eg.db", "BP", "SYMBOL") 可以看到输入的是GO数据库,选定类别,基因名字类型,输出的就是整个数据库. 但是想调用这个函数没那么简单,得导入一系列的基础函数. 一个常见的任务就是获取GO数据库里所有的cell cycle相

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录

http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个基因集,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异.表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因属于同一通路,以及该通路上的上调.下调情况,这就是富集分析了. 例如2019年4月在Cancer cell(PMID 30991027)上发表的一篇文章中有一张

mysql workbench的特长是创建表结构的,然后在结构图中,圈圈点点,很容易就利用可视化方式把数据库建好,然后再导入到数据库服务器中,这种办法很效率.但是有时我们有一个需求,事先没有建表结构模型,而是利用别的数据库软件建的数据库,并且我们还想利用workbench的表结构模型在上面修改,此时,如何所已有的数据库导出为模型表结构就是焦点了! 可以这样: 如何导入数据库呢 有很多人找不到升级后的workbench中浏览数据功能,就以为它没有,是大错特错的,下图就是 下面是写sql语句 导入数

1,mysql数据库导出模型到powerdesigner 2,CRL+Shift+X 3,复制以下内容,执行 '******************************************************************************'* File:     comment2name.vbs'* Purpose:  在PowerDesigner的PDM图形窗口中显示数据列的中文注释'* Title:    将字段的comment赋值到字段的name中'* Cat

package com.zbb.util; import java.io.BufferedReader;import java.io.File;import java.io.FileInputStream;import java.io.IOException;import java.io.InputStreamReader;import java.io.OutputStream;import java.io.OutputStreamWriter; public class MySQLDataba

使用shell脚本根据输入的用户名,数据库名,密码从DB2数据库导出数据 (1)a.sh脚本如下 #!/usr/bin/bash read -p "please input your DBNAME: " DBNAME read -p "please input your username: " username read -p "please input your password: " password db2 connect to $DBNA

<?php $fname = $_FILES['MyFile']['name']; $do = copy($_FILES['MyFile']['tmp_name'],$fname); if ($do) { echo"导入数据成功<br>"; } else { echo ""; } ?> <form ENCTYPE="multipart/form-data" ACTION="<?php echo&quo

将Oracle数据库导出为txt格式: 方法1: 对于Windows系统,可以采用以下方式: 选择控制面板-->管理工具-->数据源(ODBC),添加一个新的数据源(系统或用户DSN均可),选择Oracle的类型,然后填上相应参数点确定. 建立好新的数据源之后,打开Office的Excel选择数据菜单下的导入外部数据中的新建数据库查询选项,在弹出的对话框中选择刚才建好的数据源,确定后填入用于连接的密码,然后选择要导出数据的表之后按照提示操作,最后就可以将选择的表的数据导出到Excel中,然后在

数据库导出 1.双击要导出的数据库,右键选转储SQL文件...,选择要保存的文件夹. 2.点击开始后,开始导出. 数据库导入 1.新建数据库,数据库的名字必须和导入的数据库文件一致. 2.在新建的数据库右键,选择运行SQL文件... 3.文件中填入需要导入的文件.下一步即可导入.

最近需要将Mysql的数据库导出一份Word的文档出来,本文记录调研后几个可用的工具和方法: 阿里云DMS工具导出 适用于存储在阿里云RDS服务中的Mysql数据库 导出格式支持:Word.Excel.PDF 缺点:免费版本的DMS只能一次导出10张表的文档:如需导出全部表,可以分多次导出(导10张删10张表) 入口:阿里云后台->RDS->选择数据库->登录数据库->顶部导航栏(工具)->生成文档(Word.Excel.PDF) 导出的Word文档效果截图: DBImpor

1.数据库导出 语句:mysqldump -u用戶名 -p密码 -d 数据库名 表名 > 脚本名; 1.导出整个数据库结构和数据 mysqldump -h localhost -uroot -p123456 database > dump.sql 2.导出单个数据表结构和数据 mysqldump -h localhost -uroot -p123456  database table > dump.sql 3.导出整个数据库结构(不包含数据) mysqldump -h localhost

案例情景--在一次Oracle 数据库导出时: C:\Documents and Settings\Administrator>exp lsxy/lsxy@lsxy_db file=E:\lsxy.dmp owner=lsxy Export: Release 11.2.0.1.0 - Production on 星期一 11月 26 14:07:18 2012 Copyright (c) 1982, 2009, Oracle and/or its affiliates. All rights r

来源:https://jingyan.baidu.com/article/3065b3b68f2ab7becef8a449.html SQLServer2005或者SQLServer2008.SQLServer2008 R2 方法/步骤   1 方法一:对于会写查询SQL语句的则是直接写查询语句查询出结果.如下图: 2 接下来到桌面新建一个空的excel文件. 接下来回到SQLServer查询界面.鼠标右键点击查询结果的左上角空白列,点击“连同标题一起复制”.则已复制好了数据.如下图: 3 接下

SSM上传EXCLE到数据库 和 从数据库导出为EXCLE package com.ABC.controller; import java.io.BufferedInputStream; import java.io.BufferedOutputStream; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileNotFoundException; import java.io.FileOutputStr

说明:有时候数据处理为List<List<Object>>更方便 姊妹篇:从数据库导出数据到excel之List<Map<>>导出 兄弟篇:从数据库导出数据到excel之POI操作 项目说明见兄弟篇 数据层和业务层代码不多说,因项目而异,处理后的数据为List<List<String>>(说明:Object也一样) 控制层: List<List<String>> order=export.ExportOrder

项目说明: 1:数据库中有两张表,主键关联 2:根据条件查询数据 3:处理为需要的数据封装类型,然后传到导出excel的方法中 <--框架部署就不详谈了,用的spring框架--> 补充:POI详解:http://www.cnblogs.com/huajiezh/p/5467821.html POI中设置Excel单元格格式样式(居中,字体,边框,背景色.列宽.合并单元格等) 直接上代码:首先是数据的获取,这里只上控制层代码,底层就不多说了 导入的包: import java.io.Buffe

MySql数据库导出csv文件命令: MySql数据库导出csv文件命令: mysql> select first_name,last_name,email from account into outfile 'e://output1.csv' fields terminated by ','optionally enclosed by ''lines terminated by '/n'; csv文件效果: sunny Grigoryan lovechoosesun@gmail.com Jon

MYSQL的命令行模式设置: 我的电脑->属性->高级系统设置->环境变量->系统变量-> 选择Path,在后面添加“;path\mysql\bin;”其中path为MYSQL的安装路径. 然后cmd进入MYSQL的方法: mysql -h hostname -u username -p 按ENTER键,等待然后输入密码.这里hostname为服务器的名称,如localhost,username为MYSQL的用户名,如root. 进入命令行后可以直接操作MYSQL了,跟mys