由于要是用python 3.6版本的一个包sonicparanoid,但是系统的gcc比较老,所以先用conda创建python环境,在该环境下尽心gcc的安装和升级 conda create --name py3.6 python=3.6 source activate py3.6 conda install pip setuptools cython sh numpy pandas biopython cmake conda install gcc libgcc 然后会提示库错误,需要重新连

因为AdvancedGuide文档太长,分上下两部分,本文档接googletest--AdvancedGuide(译文)上:Google C++单元测试框架GoogleTest---AdvancedGuide(译文)上. 一.在子程序中使用断言(Using Assertions in Sub-routines) 1.1 将跟踪添加到断言 如果从几个地方调用测试子程序,当其中的断言失败时,可能很难判断失败来自哪个子程序的调用. 您可以使用额外的日志或自定义失败消息缓解这个问题,但通常会堵塞您的测试

宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) .是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为"the genomes of the total microbiota found in nature" , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和.它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因, 目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和.而所谓宏基因组学 (或元基因组学, meta

MySQL官网下载历史版本 网上搜索MySQL官网 2 查询所有的归档文件   点击进入服务器列表   列表中默认只有Windows 版本的,可选择其它版本,但无法进行查询   查看网页元素   发现有一个查询按钮没有显示出来   将整个用于版本查询的表单拷贝到Editplus中   修复查询按钮   修改表单提交的地址   别存为HTML文件   用浏览器打开   点击查询按钮就可以获取到指定版本了     前五步就可以找到历史库了            

参考: SSR标记 分子标记开发与筛选之SSR SSR 分子标记开发策略及评价 SSR分子标记在牡丹亲缘关系研究中的应用与研究进展 SSR(Simple Sequence Repeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术,也称为微卫星DNA(MicrosatelliteDNA),是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列.由于每个SSR两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列. 生物的基因组中,特别是高等生物的基因组中含有大量的重

前言 随着大量的框架使用composer和namespace,渐渐的线上环境也从之前的5.3变成了5.4或者5.5甚至5.6,随着7月份PHP7的公布,会有很多其它的公司採用新版本号. 之前好久就想写这种一片文章,来说明下各个版本号的差异.这次算是拿出时间了. 这次的是第一篇,眼下规划写三篇 PHP5.4.0 PHP5.5.0 PHP5.6.0 一方面是对自己的知识的整理,一方面是对自己的一次提升. 官方说明 官方文档地址 http://php.net/ChangeLog-5.php#5.4.0

ZFS是下一代的文件系统,支持了很多存储高级特性,如卷管理.快照.和校验.压缩和重复删除技术.拷贝等. ZFS由Sun公司创建,现属于Oracle,ZFS是开源的,并基于CDDL license.因为CDDL和GPL不兼容,ZFS不能加入Linux kernel主线.然而,ZFS On Linux(ZoL)项目提供kernel模块和用户空间程序,这些都可以单独的安装. ZFS on Linux(ZoL)是一项成熟的技术,但是,现在却不建议在产品中使用zfs存储驱动,当然,除非你对ZoL有着丰富的

上一篇聊了聊构建分布式系统所面临的困难,这篇将着重讨论构建容错分布式系统的算法与协议.构建容错系统的最佳方法是使用通用抽象,允许应用程序忽略分布式系统中的一些问题.本篇我们先聊一聊线性一致性,以及与线性一致性有关的技术,后续需要了解的分布式协调服务,如:ZooKeeper等,都是基于分布式系统的线性一致性. 1.更强的一致性 大多数分布式数据库至少提供了最终一致性,这意味着如果停止对数据库的写操作并等待一段时间,最终所有读请求将返回相同的值.但是,这是一个非常弱的一致性保证,所谓的一段时间并不确

1.官网简介 http://cab.spbu.ru/software/quast-lg/ QUAST- lg是QUAST的一个扩展,用于评估大型基因组装配(直至哺乳动物大小).QUAST- lg从5.0.0版本开始包含在QUAST包中(下载最新版本).像往常一样运行QUAST,不要忘记在您的命令中添加‐large选项! 新功能的简短列表(参见所有更改): 通过使用新的快速比对(minimap2)和重构对齐分析模块,显著提高了速度 新的基于k-mer的评估基因组完整性和正确性度量 BUSCO增加了

1.摘要 群居性的进化是进化的主要过渡之一,但其背后的基因组变化是未知的.我们比较了10种蜜蜂的基因组,它们的社会复杂性各不相同,代表了社会进化中的多种独立过渡,并报告了三项主要发现. 第一,许多重要的基因显示出中性进化的证据,这是随着社会复杂性的增加而放松选择的结果. 第二,没有单一的通往群居社会的路线图;社会性中的独立进化过渡具有独立的遗传基础. 第三,尽管这些转变在细节上明显独立,但它们确实具有类似的一般特征,包括受约束蛋白质进化的增加,伴随基因调控潜力的增加,以及转座因子多样性和丰度的减

阅读http://book.mixu.net/distsys/replication.html的笔记,是本系列的第四章 拷贝其实是一组通信问题,为一些子问题,例如选举,失灵检测,一致性和原子广播提供了上下文. 同步拷贝 可以看到三个不同阶段,首先client发送请求.然后同步拷贝,同步意味着这时候client还在等待着请求返回.最后,服务器返回. 这就是N-of-N write,只有等所有N个节点成功写,才返回写成功给client.系统不容忍任何服务器下线.从性能上说,最慢的服务器决定了写的速度

全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接.组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究.基因组重测序 是对有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析. 基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs).拷贝数变异(CNV).插入/缺失(I

SWUpdate: 嵌入式系统的软件升级 概述 本项目被认为有助于从存储媒体或网络更新嵌入式系统.但是,它应该主要作为一个框架来考虑,在这个框架中可以方便地向应用程序添加更多的协议或安装程序(在SWUpdate中称为处理程序). 一个用例是从外部本地媒体(如USB-Pen或sd卡)进行更新.在这种情况下,更新是在没有操作员干预的情况下完成的:它被认为是"一键更新",软件在复位时启动,只需按下一个键(或者以任何目标可以识别的方式),自动进行所有检查.最后,更新过程只向操作员报告状态(成功

嵌入式系统的软件管理 嵌入式系统变得越来越复杂, 它们的软件也反映了这种复杂性的增加. 为了支持新的特性和修复,很有必要让嵌入式系统上的软件 能够以绝对可靠的方式更新. 在基于linux的系统上,我们可以在大多数情况下找到以下元素: 引导装载程序 内核和设备树 根文件系统 其他在后续挂载的文件系统 用户资料,以裸数据格式存在或者保存在文件系统中 特定用途的软件. 如,用于下载到相连接的微控制器的固件等 一般来说,在大多数情况下是需要更新 内核和根文件系统,保存用户数据-但实际情况各不相同. 仅在

官方原文: https://github.com/golang/go/wiki/Modules Go 1.11包括此处建议的对版本模块的初步支持.模块是Go 1.11中的实验性加入功能,并计划纳入反馈并最终确定 Go 1.14中的功能.即使某些细节可能会更改,将来的发行版也将支持使用Go 1.11.1.12和1.13定义的模块. 最初的原型vgo于2018年2月宣布.2018年7月,版本化的模块进入了主Go存储库. 请通过现有问题或新问题以及经验报告提供有关模块的反馈. 近期变动 Go 1.13

目录 研究一:G19833组装,2014NG 研究二:BAT 93组装,2016 genome biology 菜豆属(Phaseolus L.)为同源二倍体作物,包含有80 多个物种,多数为野生种,仅有5 个栽培种,分别为普通菜豆(P. vulgaris L.).多花菜豆(P. cocineus L.).利马豆(P. lunatus L.).丛林菜豆(P. dumosus L.)和宽叶菜豆(P. acutifolius L.),其中普通菜豆在世界范围内种植范围最广.栽培面积最大.食用人群最多.

目录 一.来源 二.结果 测序组装 组装评价 编码基因预测 基因功能注释 非编码RNA注释 假基因预测 重复序列注释 进化分析和分歧时间估计 全基因组复制 LTR插入时间估计 正选择基因 一.来源 High-quality genome assembly, annotation and evolutionary analysis of the mungbean (Vigna radiata) genome. November 2020. DOI:10.22541/au.160587196.639

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因

转自公众号Eric生信小班.学习群体遗传套路 中科院昆明动物园吴东东研究团队联合国外研究团队2019年在Genome Biology发表题为Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachio的研究论文,利用全基因组和转录组数据,系统研究了开心果在驯化与环境适应上的遗传机制,研究内容和方法采用群体基因组学的常规分析,包括基因组de novo.转录组.群体进化.选择位点分析,可作为群体基因