plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

前言   处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码.因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出来.比如最近我想读一个样本的AF,但是它放在最后样本的GT那列,不在INFO那一列,有一些库竟然无能为力.   因此我写了这个通用的读vcf的类,直接复制粘贴这部分代码就可以方便的用这个类进行vc

在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件. 以下主要介绍pysam的安装和使用方

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

pysam 模块介绍!!!! http://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html 在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1

GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09-24 4220 publications 107486 SNPs 157336 associations Genome assembly GRCh38.p12 dbSNP Build 151 Ense

前面几篇发布了一些有关五子棋的基本算法,其中有一些BUG也有很多值得再次思考的问题,在框架和效果上基本达到了一个简单的AI的水平,当然,我也是初学并没有掌握太多的高级技术.对于这个程序现在还在优化当中,主要是完善所使用的启发方式.编写多线程搜索代码.加入开局库等一些工作.开局库和多线程还没有实现,仅在棋盘表示.模板表示上修改较多,而启发方式上有一些改进,主要是修改了置换表为双置换表(深度和实时),内部迭代加深启发和我们接下来要说明的VCT和VCF代码.其中棋盘表示采用了一组15个32位表示,每一

2014-01-11 17:29:22 1. 当用户选择Phonebook中从SD卡导入联系人的操作后,程序回调转到ImportVCardActivity,然后用户选择好要导入的.vcf文件,并点击“确定”button,调用ImportVCardActivity中的importMultipleVCardFromExternalStorage()方法: private void importMultipleVCardFromExternalStorage( final List<VCardFile

办公室里有时忙起来,会频繁进入这样一个循环,想找某个人的电话-去找名片-找不到名片-去查看手机-手机按解锁开关-手机滑屏/指纹/密码/图形解锁-手机按通话按键-输入那个人姓名的部分-找到电话-输入到PC中的QQ-发送给某某-手机锁屏-喘口大气... 更要命的,有的时候短时间内这个循环会频繁被循环调用,我了个去,我就碰到过,于是那是就有了一个念头,如果能在PC显示器上有一个小输入框(就像当初的各家流氓一样),我输入“张三”,就能给我显示张三的电话,甚至是邮件地址.公司名称等多方便啊.有了这个念头心

计算等位基因频率有两种方式,第一种用vcftool计算: /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行,file.vcf指的是你要输入的vcf文件,--freq表示计算等位基因频率,--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体,当然,你也可以选择你想计算的染色体区域,filefreq指的是输出的文件名. 结果如下图所示: 第二种用plink计算: /path/to/plink-1.07-x86

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

转载:http://www.cnblogs.com/xdp-gacl/p/3763559.html 一.ServletConfig讲解 1.1.配置Servlet初始化参数 在Servlet的配置文件web.xml中,可以使用一个或多个<init-param>标签为servlet配置一些初始化参数. 例如: <servlet> <servlet-name>ServletConfigDemo1</servlet-name> <servlet-class&

PhpSpreadsheet如何读取excel文件 一.总结 一句话总结:万能的百度,直接搜代码就好,绝对有,毕竟github上面4000+的关注,说明很多人用了这个,使用照着demo倒是异常简单 二.使用PhpSpreadsheet将Excel导入到MySQL数据库 日常开发中,我们经常遇到这样的场景,需要将一个Excel表格数据如客户信息.学生成绩表导入到系统数据库中,然后在系统中进行进一步操作,如给导入的客户群发短信,统计学生成绩排名.PHP导入Excel避免了人工录入信息的麻烦和出错,提

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

我们先实现从指定路径读取图片然后输出到页面的功能. 先准备一张图片imgs/dog.jpg. file.js里面继续添加readImg方法,在这里注意读写的时候都需要声明'binary'.(file.js 在上一篇文章nodejs进阶3-路由处理中有完整的内容) readImg:function(path,res){         fs.readFile(path,'binary',function(err,  file)  {             if  (err)  {        

Web.config的读取 对于Web.config的读取大家都很属性了.平时我们用得比较多的就是appSettings节点下配置.如: 我们对应的代码是: = ConfigurationManager.AppSettings[“OAuth_QQ_ClientId”]; = ConfigurationManager.AppSettings[“OAuth_QQ_CallbackUrl”]; = ConfigurationManager.AppSettings[“OAuth_QQ_ClientScr

场景:有三个市场(Global.China.USA),对前台传过来的数据有些验证需要细化到每个市场去完成. 所以就出现了基类(Global)和派生类(China.USA) 定义基类(Global)PersonalInformationController : public abstract class PersonalInformationController : BaseController { #region Abstract/Virtual Methods //定义一个抽象方法 publi

input file相关知识简例 在此介绍的input file相关知识为: 上传照片及文件,其中包括单次上传.批量上传.删除照片.增加照片.读取图片.对上传的图片或文件的判断,比如限制图片的张数.限制图片的格式.大小等. 在开发中,文件上传必不可少,<input type="file" /> 是常用的上传标签,但特别low.浏览的字样又不能换,但难不倒强迫症患者...看一些其他网站有的将<input type="file" />隐藏,用点击

最近在做打包的工作,应用程序的配置信息可以放在注册表文件中,但是在以前的16位操作系统下,配置信息放在Win.ini文件中.下面介绍一下Win.ini文件的读写方法和注册表的编程. 先介绍下Win.ini,,win.ini是Windows系统的一个基本系统配置文件.WIN.INI文件包含若干小节,每一节由一组相关的设定组成.文件配保存了诸如影响Windows操作环境的部分.控制系统界面显示形式及窗口和鼠标器的位置.联结特定的文件类型与相应的应用程序.列出有关HELP窗口及对话窗的默认尺寸.布局.

只讲述异常点,关于怎么配置文件,这里不做说明.   1. controller中无法读取config.properties文件 controller中注入的@Value配置是从servlet-context.xml配置文件中获取的:service中注入的@Value配置可以从applicationContext.xml中获取的.所以,如果要在controller中注入属性配置,需要在相应servlet文件中添加配置,同applicationContext.xml中一样. <bean class=