目前有很多的数据库都存储了蛋白序列,比如NCBI Refseq, protein, swissprot 等,在各个数据库之间,或者是在某个数据库中,蛋白序列有大量冗余:为了方便使用,ncbi 构建了nr 库, 全称是 RefSeq non-redundant proteins: Non-redundant protein sequences from GenPept,  Swissprot, PIR, PDF, PDB, and NCBI RefSeq 完整的nr 数据库的蛋白序列和预先构建好的

  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit.另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法. 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software:点击software,选择需要的sra t

1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入  metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通过 NCBI SRA数据库中的metadata信息 作用. 首先dbConnect ()接入 R system 中的local database systems, 所有的搜索就在本地文件的基础上进行.the queries we

最近需要下载一大批GEO上的数据,问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件,换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载.但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包,不知道是网络问题还是怎么,GEOquery有时候运行也不太稳定,但是总体来说,很好地解决了我的问题. 首先假设我们想要下载的数据是GSE77445,这是一批DNA甲基化数据,我们可以在R语言中安装GEOquery之后,载入R包,然后直接输入: Data <- getGEO("GSE77445"

参考:http://www.so.com/linkm=aLVHG%2FgJT4HyuVeK4%2BxX2LMFvF6oTiTCaruHE20pwjRia7DmVI2hIVfmw%2BFNPczCtvXgQcY1BJg7omFLBbISWzz%2BLRCRWyDmxMvrkDKaGmhQ%3D https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/ 1.下载与安装 下载网址: https://downloads.asperasoft.com/connect2/

最近用Ubunt也遇到这个问题,搜到这个答案 参考原文链接: http://forum.ubuntu.org.cn/viewtopic.php?t=387865 2.移除“下载额外数据不成功”的恼人提示通知,方法:$cd /usr/share/package-data-downloads/$sudo rm * -rf$cd /var/lib/update-notifier/package-data-downloads/$sudo rm * -rf$cd /var/lib/update-notif

网络下载拉取数据中,json数据是一种格式化的xml数据,非常轻量方便,效率高,体验好等优点,下面就android中如何从给定的url下载json数据给予解析: 主要使用http请求方法,并用到HttpGet和HttpResponse等对象来获取数据.直接上实例代码吧:. (1)从网络URL上读取json字符串的实现 public String readJSONFeed(String url){ StringBuilder stringBuilder = new StringBuilder();

参考自经过几天的摸索,终于得出安装flashplugin-installer的方法 移除"下载额外数据不成功"的恼人提示通知,方法: $cd /usr/share/package-data-downloads/ $sudo rm * -rf $cd /var/lib/update-notifier/package-data-downloads/ $sudo rm * -rf $cd /var/lib/update-notifier/user.d/ $sudo rm data-downl

同事用java开发了一个系统,其中有一个功能是下载大约10万笔数据到Excel中.当上线后,很多用户反映下载数据量大的时候就不能成功,但有时可以,所以结论就是系统不稳定,这个问题拖了很久没有解决. 在与这个系统的开发人员看了下代码后,知道下载excel用的是apache中的POI组件.原来的代码逻辑是将要下载的数据整个从数据库捞出来,然后循环一笔笔地调用POI的API生成cell, row,全部完成了,再输出到客户端的流中.监控发现,一旦下载时,java虚机所占用的内存直线上升,且很久都不会降下

解决Ubuntu“下载额外数据文件失败 ttf-mscorefonts-installer”的问题 发表于 2017-09-15 | 更新于 2018-04-29 | 分类于 Linux | 评论数: 0 | 阅读次数: 最近开机总是遇到一段提示,内容大概是这样: 下载额外数据文件失败以下软件包要求安装后下载附加数据,但其数据无法下载或无法处理.ttf-mscorefonts-installer稍后系统将自动重试下载,您也可以手工立即重试.执行此命令需要有活动的网络连接. 开始也挺烦恼,总是解决

最近有在做 stream 下载,并且边下载 stream 边处理功能.解析二进制的功能.最初参考了 flv.js 的 flv stream 下载处理功能,发现他并没有使用的 XMLHttpRequest 的 responseType = 'arraybuffer' 这个功能,而是使用的fetch api 里面的 body.getReader API.(fetch 支持一边下载二进制数据一边处理) 后来查询了资料发现, XMLHttpRequest 里不支持下载 stream 的同时边处理的 st

这段时间做了一些利用地理信息进行定位导航的系列工作,其中很重要的一部分是如何获取到地图数据,比如道路的矢量图.某一区域的栅格图,我用到的主要工具是QGIS.QGIS是一个跨平台的免费应用,其中集成了对矢量图.栅格图处理的很多功能,同时也集成了很多开放地图数据网站的接口,比如OpenStreetMap等,因此,在获取数据,并处理成我们需要的格式方面非常便利.本篇博文主要介绍如何使用QGIS下载数据,并处理成特定的格式. 一. 指定区域指定地物矢量图获取 我们经常会遇到这样一种需求:获取某一区域的指

总的来说,为四大步: 1.注册Earthdata用户. 注册时需注意的是,最好把所有需打勾的都勾上,在最后[注册]按钮前,弹出[人机验证]才能注册成功.如果注册不成功,除了检查用户名和密码是否符合要求外,换台电脑试试. 2.下载wget(网页抓取工具). 注意在Earthdata的具体数据下载[GHRC_URLs.txt]页面中有[wget]下载的链接,但此页链接应该是提供的LINUX系统下的.如果要下载Windows系统下的,应该点击此页上的[get help],弹出的help页面里面的[wg

故障显示: 一些软件包的数据文件无法下载 以下软件包要求安装后下载附加数据,但其数据无法下载或无法处理. ttf-mscorefonts-installer 这是一个永久错误,系统中的这些软件包将无法使用.您可能需要修复网络连接,然后卸载并重新安装它们. 解决方法: 到这个地址下载 http://sourceforge.net/projects/corefonts/files/the fonts/final/    下面的这些文件都下载到一个单独的目录, 注意新建一个,例如:/home/<use

<数据可视化之美>高清PDF全彩版|百度网盘免费下载|Python数据可视化 提取码:i0il 内容简介 <数据可视化之美>内容简介:可视化是数据描述的图形表示,旨在一目了然地揭示数据中的复杂信息.可视化的典型如纽约地铁图和人脑图.成功的可视化的美丽之处既在于其艺术设计,也在于其通过对细节的优雅展示,能够有效地产生对数据的洞察和新的理解. 在<数据可视化之美>中,20多位可视化专家包括艺术家.设计师.评论家.科学家.分析师.统计学家等,展示了他们如何在各自的学科领域内开

雪球网也是采用Ajax方式展示数据,我依然采用开发者工具查看其访问地址和返回数据. 访问使用到的库是jsoup,解析返回的json用的类库是jackson,二者的依赖是: <!-- jsoup --> <dependency> <groupId>org.jsoup</groupId> <artifactId>jsoup</artifactId> <version>1.7.3</version> </dep

听说过别人用生信分析"空手套白狼"的故事吧想做吗好想学哦~ 或多或少都知道GEO和TCGA这些公共数据库吧!那么你知道怎么在数据库上找到意向数据,并且成功下载呢?这第一步要难倒一大票人. TCGA,The Cancer Genome Atlas 首先使用谷歌(海外)或必应(境内)搜索TCGA大家都知道,看到以下界面点进去 image.png 点进去后发现一堆官网介绍,简单查看每个小标签后并未找到数据下载的地方.当然啦,作为这么大一个项目,不可能仅用于数据下载,相应的首页应该会大量关于该

之前不知设计原理,发生了大量数据(超过100w行)直接从数据库读取加载到网页中,直接导致内存溢出. Rediculous! 所以,现在改为分页查询到页面中. 由于其有全局逻辑,故折中每次加载1w条数据进行计算,网页打开速度大大加快. 所需耗时皆来自count的统计. 下载时,可做每5w行进行一波读取与写入excel. 但需注意两点: 1.前台ajax的响应时间经测试不超过1小时.需要缩短后台执行的时间以达到及时响应的效果.前台也可稍作提示,预估响应时间超过1小时则提示用户重新选择下载时间段和数据

最近遇到在MS Excel中建立的Web Query在创建完成后过了一段时间(或关闭文件后再次打开文件并刷新数据)出现无法刷新的问题,点击刷新时报错如下: 无法下载您要求的信息. 这是一个很不友好的报错,从提示的信息来看,似乎是这个网站无法打开,然而在浏览器里打开却没有任何问题(采用的是匿名用户的身份验证). 刚为了获得更多的错误信息,我查看了系统的事件日志,发现了这么一条记录: Object reference not set to an instance of an object. at x

ENCODE数据库用于存放基因组原件,所有的测序数据(原始数据以及每一步处理后的数据以及最终的结果)都是开放下载的.假如说去官网下载的话会比较麻烦,这里可以通过UCSC的数据库下载(真的是神器啊)!下面介绍方法: https://www.genome.ucsc.edu/ENCODE/downloads.html 直接在这个网址里面下载就可以了,里面有hg19版本的说有注释信息,非常全哦!

Retrieving Data from Data Centers(从数据中心检索数据) PS:此部分提供了使用obspy下载数据的推荐方式,但是由于数据中心和web服务在不断更新变化,所有有些建议可能变无效. Note:最常见的应用为下载波形和整个或部分事件元信息.多数情况下你都可以用到obspy.clients.fdsn模块.它支持最大数量的数据集并使用最新的数据格式.虽然可以选择不同的模块,但是请确保你至少有一个可用模块. FDSN网络服务 基础FDSN网络服务 Table 可用数据类型: