参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分

本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #若报错 force ,则强制安装 remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb", for

最近做一个小项目,需要用到struts2标签从数据库查询数据,并且用迭代器iterator标签在查询页面显示,可是一开始,怎么也获取不到数据,想了许久,最后发现,是自己少定义了一个变量,也就是var变量.<s:iterator>标签有一个value属性,用来存放在Action类的方法中存数据的list集合,还有一个id,好像是说指定集合的索引的意思,就是给list集合遍历出来的每个对象加上一个数字标签,反正我是这么理解的,没用过.还有一个很重要,就是var变量,我在s:iterator按ctr

本文来自:http://www.cnblogs.com/mrchenzh/archive/2010/05/31/1747937.html /***************************************** * 说明:利用反射将数据库查询的内容自动绑定 *       到实体类 * * 时间:1:49 2009-9-19 * * 程序员:王文壮 * ***************************************/ /****************数据库脚本***

sql在不同数据库查询前几条数据 1. ORACLE SELECT * FROM TABLE_NAME WHERE ROWNUM <= N;  HQL: from table_name t order by t.create_time desc where rownum<=n; 2. postgres查询前几条记录SQL  SELECT * FROM TABLE_NAME LIMIT N; 3. DB2 SELECT * ROW_NUMBER() OVER(ORDER BY COL1 DESC

Atitit  DbServiceV4qb9 数据库查询类库v4 新特性     V4新特性 安全特性,屏蔽了executeUpdate,使用v2版 Sql异常转换,特别转换了DuplicateEntryEx异常 Split meta svs,sql ast svs...       public int executeUpdateV2qb0(String sql) throws getConnEx, DuplicateEntryEx, SQLException { Connection con

两种方法是:1,使用mysql数据库的存储过程:2,C#编码,做网页后台与mysql数据库连接,前台测试显示测试过结果下面我将分别讲解两种方法的具体实现. 1,使用mysql数据库的存储过程插入万条大批量记录.(环境:mysql5.0,GUI(SQLyog),win7专业版,表student{ID,studentname,studentID,GetMAN,dateTim})查询测试的难点是构建数据库,怎样才能向数据库中放入80W条记录呢?当然不能一条一条的放了,首先我考虑的是采用纯数据库方法,写

在Model文件夹下创建模型,文件命名规则 : 表名Model.class.php <?php namespace Home\Model; use Think\Model; class yonghuModel extends Model { } 实例化数据库的三种方法 //调用Model文件夹下的模型 public function shujuku1() { $yonghu=new \Home\Model\yonghuModel; //实例化自己创建的Model,(注意路径书写完整) var_d

最早的php对mysql数据库查询是mysql和mysqli方法,后来php的新版本进一步封住了该方法,于是又pdo,抛开php框架,使用pdo查询数据,使用也是相当简便 <?php ini_set('max_execution_time',3600); $pdo = new pdo('mysql:host=localhost;dbname=test','root','123456'); echo "<br/>"; $sql = $pdo->prepare('S

下面介绍一下 Yii2.0 对数据库 查询的一些简单的操作 User::find()->all(); 此方法返回所有数据: User::findOne($id); 此方法返回 主键 id=1 的一条数据(举个例子): User::find()->where(['name' => '小伙儿'])->one(); 此方法返回 ['name' => '小伙儿'] 的一条数据: User::find()->where(['name' => '小伙儿'])->all(

引用请注明http://www.cnblogs.com/13590/archive/2013/03/14/2958735.html  摘要:查询是数据库SQL语言的核心,本文介绍了通过iBatis.Net对数据库的简单查询.条件查询.动态查询和多表查询. 关键词:iBatis.Net:动态查询:多表查询:数据映射 查询是数据库SQL语言的核心,SQL语言只提供唯一一个用于数据库查询的语句,即SELECT语句.用于表达SQL查询的SELECT语句是功能最强也是最复杂的SQL语句.而在实际的项目开发

在进行数据库查询时,有时需要用到对既有的数据表进行多表查询得出的临时条件的数据表,就可以暂时创建成为虚表,并赋予简单明了的字段名以及临时表名. 例题a:查询出每门课程低于平均成绩的学生姓名.课程名称.分数 分析: 1. 要完成题目,首先需要一张所有学生的课程及分数表,所需字段:学生姓名.课程名称.分数: select a.Name as Name,b.C_name as C_name,b.Grade as Grade from students a,score b where a.Id=b.st

原文:http://www.cnblogs.com/djcsch2001/articles/2382559.html ADO多线程数据库查询通常会出现3个问题: 1.CoInitialize 没有调用(CoInitialize was not called):所以,在使用任何dbGo对象前,必须手 调用CoInitialize和CoUninitialize.调用CoInitialize失败会产生"CoInitialize was not called"例外. 2.画布不允许绘画(Can

上篇博客论述了,数据库查询数据返回前台JSP.博客中主要使用Ajax调用来显示JSON串,来获取其中某一个字段,赋给界面中的某一个控件. 那这篇博客中,我们讲解,把后台List传递JSP展示. List传递界面,以前我们普通的做法是怎么样的呢?foreach 的el表达式?还是java代码? 那对于本身就是Json格式的list,到底如何显示呢? 显然表单中的el表单以及java代码不合适.那我们继续使用Ajax来显示. 一:对于不使用前台框架的情况:就是咱们普通的table,到底如何以表格的形

他们的主要区别: •流查询步骤只能进行等值查询,数据库查询步骤可以进行非等值查询 •流查询在查询之前把数据都加载到内存里,数据库查询可以选择是否把数据加载到内存. •进行等值查询时,数据库查询步骤如果选中了全部缓存,性能接近但仍不如流查询的性能. •进行等值查询时,数据库查询步骤如果没选中全部缓存,性能较低,每次查询都要向数据库发送一个SQL 查询请求. •进行非等值查询时,数据库查询即使选中了全部缓存,性能也较低,没有索引在内存中通过循环查询. •数据库查询的缓存适用于多次查询返回同一个查询结

SQL Server数据库查询速度慢的原因有很多,常见的有以下几种: 1.没有索引或者没有用到索引(这是查询慢最常见的问题,是程序设计的缺陷) 2.I/O吞吐量小,形成了瓶颈效应. 3.没有创建计算列导致查询不优化. 4.内存不足 5.网络速度慢 6.查询出的数据量过大(可以采用多次查询,其他的方法降低数据量) 7.锁或者死锁(这也是查询慢最常见的问题,是程序设计的缺陷) 8.sp_lock,sp_who,活动的用户查看,原因是读写竞争资源. 9.返回了不必要的行和列 10.查询语句不好,没有优