之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一.安装 1 wget http://sourceforge.net/projec

1.进入网站http://snpeff.sourceforge.net/,下载snpeff: wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip 2.解压.安装 unzip snpEff_latest_core.zip 解压后出现如下图: 3.注释变异: /path/to/java -Xmx4g -jar snpEff.jar GRCh37.75 examples/test.chr22.vcf > te

目录 问题一:各区域注释之和大于变异总数? 问题二:注释Region出现Gene和transcript等区域? 问题一:各区域注释之和大于变异总数? snpEff的结果很简单,但常常遇到如下问题. 我的SNP总数: 但是,注释的exon.intron和intergenic之和2,278,570就已经大于了总SNP数. 我大概能知道是什么原因.一个snp会落在多个基因上,所以既有可能落在exon,又有可能落在intron区,最后会大于总snp.同样,一个gene有多个转录本也会出现这样的情况.如果

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面

目录 2010年1月:大豆基因组首次发表(Nature) 2010年12月:31个大豆基因组重测序(Nature Genetics) 2014年10月:野生大豆泛基因组(Nature Biotechnology) 2015年2月:大豆在驯化和改良过程中遗传多态性明显降低(Nature Biotechnology) 2017年8月:GWAS解析大豆重要性状网络(Genome Biology) 2018年8月:中国国审大豆品种中黄13的基因组完成(Science China Life Science

@Required 注释应用于 bean 属性的 setter 方法,它表明受影响的 bean 属性在配置时必须放在 XML 配置文件中,否则容器就会抛出一个 BeanInitializationException 异常. java public class Student { private Integer age; private String name; @Required public void setAge(Integer age) { this.age = age; } public

Java的书写格式,标识符及命名规则,注释 1.Java语言的书写格式(约定成俗) 1) 大括号要对齐(左大括号与句尾对其,后面大括号与句头对齐),并且成对写 2) 左大括号前面有空格 3) 遇到左大括号要缩进(下一行要缩进一下),Tab.没有遇到不用缩进,对齐就行 4) 方法和程序块之间加空行让程序看起来清晰 5) 并排语句之间加空格,例如for语句 6) 运算符两侧加空格3 + 4 = 7 2.标识符 1) 标识符:就是给类,接口,方法,变量等起名字时使用的字符序列 2) 标识符的组成: a

注释.命名规则.访问修饰符.数据类型.常量.变量 话说一个不会写注释的程序猿的不是一个好吃货,我们本篇就从注释开始说起好了. 在C#中有三种注释: 第一种:单行注释  以//开头,后面的就是注释内容 –  //单行注释 –  第二种:多行注释  以 /*开头   */结束 之间的是注释内容 –  /*  */多行注释 –  第三种:文档注释  在方法或类的上一行输入 ///就会产生 –  /// –  ///文档注释 –  /// –  So....截图就是这三种注释的用法了. 再来说说命名规则

看到一份很受欢迎的前端代码指南,根据自己的理解进行了翻译,但能力有限,对一些JS代码理解不了,如有错误,望斧正. HTML 语义化标签 HTML5 提供了很多语义化元素,更好地帮助描述内容.希望你能从这些丰富的标签库中受益. <!-- bad --> <div id="main"> <div class="article"> <div class="header"> <h1>Blog p

在 IBM Bluemix 云平台上开发并部署您的下一个应用. 开始您的试用 原文链接:https://www.ibm.com/developerworks/cn/java/j-lo-spring25-ioc/ 概述 注释配置相对于 XML 配置具有很多的优势: 它可以充分利用 Java 的反射机制获取类结构信息,这些信息可以有效减少配置的工作.如使用 JPA 注释配置 ORM 映射时,我们就不需要指定 PO 的属性名.类型等信息,如果关系表字段和 PO 属性名.类型都一致,您甚至无需编写任务属

若有不正之处,请多多谅解并欢迎批评指正,不甚感激.请尊重作者劳动成果: 本文原创作者:pipi-changing本文原创出处:http://www.cnblogs.com/pipi-changing/ 本文版权归作者和博客园共有,未经作者同意必须保留此段声明,且在文章页面明显位置给出原文连接 ,否则保留追究法律责任的权利. 关键字 关键字的定义和特点 定义:被Java语言赋予了特殊含义的单词 特点:关键字中所有字母都为小写 用于定义数据类型的关键字 class interface byte sh

新版本—— http://www.cnblogs.com/zyl910/p/zlstdint_v100.html[C] zlstdint(让VC.TC等编译器自动兼容C99的整数类型)V1.0.支持Turbo C++ 3等DOS下的编译器 作者:zyl910 一.改动简介 V1.02版的改动如下—— 将源码上传到github. 调整目录结构. 添加CMake编译配置文件. 使用doxygen规范注释. 修正 __AUTO_STDINT_H_USESYS 误为 _INTTYPES_H_SYS_ 的

Java基础之理解Annotation 一.概念 Annontation是Java5开始引入的新特征.中文名称一般叫注解.它提供了一种安全的类似注释的机制,用来将任何的信息或元数据(metadata)与程序元素(类.方法.成员变量等)进行关联. 更通俗的意思是为程序的元素(类.方法.成员变量)加上更直观更明了的说明,这些说明信息是与程序的业务逻辑无关,并且是供指定的工具或框架使用的. Annontation像一种修饰符一样,应用于包.类型.构造方法.方法.成员变量.参数及本地变量的声明语句中.

在编写 C# 代码时,只要在注释按照格式加入 XML 文档注释,例如: /// <summary> /// 这里是类的注释. /// </summary> public class MyClass { } 就可以通过设置项目的"属性->生成->输出->XML 文档文件",来为当前项目生成包含所有文档注释的 XML 文件.一般可用于 Visual Studio 的智能提示,或者利用 Sandcastle 等工具生成文档. 下面,我会介绍生成的 X

SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一, 安装: 首先在家目录下, 下载安装包 wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/s

Code First 数据注释 Julie Lerman http://thedatafarm.com 通过实体框架 Code First,可以使用您自己的域类表示 EF 执行查询.更改跟踪和更新函数所依赖的模型.Code First 利用称为"约定先于配置"的编程模式.这就是说,Code First 将假定您的类遵从 EF 所使用的约定.在这种情况下,EF 将能够找出自己工作所需的详细信息.但是,如果您的类不遵守这些约定,则可以向类中添加配置,以向 EF 提供它需要的信息. Code

题大清渠 蔡升元 为怜□□□□□,□□□□□□□. □□□□沙碛里,凿开峡口贺兰旁. 支分九堡通沟浍,鼎峙三渠并汉唐. 作吏尽如君任事,不难到处乐丰穰. 两渠中划大清渠,畚筑无劳民力纾.[1] 心画万家沟洫志,胸藏一卷水经书.[2] 岚光树色晴川外,鸿影鸥波夕照余. 浑似江南好风景,岂惟灌溉遍村墟.[3] [说明]选自<乾隆宁夏府志>卷二十一“艺文•诗”.大清渠,原称贺兰渠,为清顺治年间(1644-1661年)宁夏道管竭忠据民所请创开.在青铜峡马关嵯之下3公里处开口引水,渠宽数尺,长十余里,溉

基于 XML 的 Web Service 的 Java API"(JAX-WS)通过使用注释来指定与 Web Service 实现相关联的元数据以及简化 Web Service 的开发.注释描述如何将服务器端的服务实现作为 Web Service 来访问或者客户端的 Java 类如何访问 Web Service. JAX-WS 编程标准支持将具有用于定义服务端点应用程序的元数据的 Java 类作为 Web Service 来注释以及注释客户机可以如何访问 Web Service.JAX-WS 支

LinkedList是基于链表结构的一种List,在分析LinkedList源码前有必要对链表结构进行说明.   1.链表的概念      链表是由一系列非连续的节点组成的存储结构,简单分下类的话,链表又分为单向链表和双向链表,而单向/双向链表又可以分为循环链表和非循环链表,下面简单就这四种链表进行图解说明.           1.1.单向链表           单向链表就是通过每个结点的指针指向下一个结点从而链接起来的结构,最后一个节点的next指向null.               

工作中经常听到别人讲“容器”,各种各样的容器,话说到底什么是容器,通俗的讲“容器就是用来装东西的器皿,比如:水桶就是用来盛水的,水桶就是一个容器.” ok,在我们写程序的时候常常要对大量的对象进行管理,比如查询,遍历,修改等.jdk为我们提供的容器位于java.util包,也是我们平时用的最多的包之一. 但是为什么不用数组(其实也不是不用,只是不直接用)呢,因为数组的长度需要提前确定,而且不能改变大小,用起来手脚受限嘛.   下面步入正题,首先我们想,一个对象管理容器需要哪些功能?增加,删除,修