clusterProfiler没有显性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数. 核心函数就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data("org.Hs.eg.db", "BP", "SYMBOL") 可以看到输入的是GO数据库,选定类别,基因名字类型,输出的就是整个数据库. 但是想调用这个函数没那么简单,得导入一系列的基础函数. 一个常见的任务就是获取GO数据库里所有的cell cycle相

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

RefSeq: NCBI Reference Sequences GeneBank序列注释说明 利用NCBI查找基因信息 NCBI中RefSeq各种accession说明(一) NCBI中RefSeq各种accession说明(二)

1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db", type = "source") biocLite("BiocUpgrade") biocLite('cluster

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t

最小基因变化 一条基因序列由一个带有8个字符的字符串表示,其中每个字符都属于 "A", "C", "G", "T"中的任意一个. 假设我们要调查一个基因序列的变化.一次基因变化意味着这个基因序列中的一个字符发生了变化. 例如,基因序列由"AACCGGTT" 变化至 "AACCGGTA" 即发生了一次基因变化. 与此同时,每一次基因变化的结果,都需要是一个合法的基因串,即该结果属于一个基因

在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 --SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 create proc spFind_Column_In_DB ( @type int,--类型:1为文字类型.2为数值类型 )--需要搜索的名字 ) as --创建临时表存放结果 create table #tbl(PK int identity primary key ,tbl sysname,col sysname) ),) begin declare curTable cursor fa

问题描述 给出一个包含n个整数的数列,问整数a在数列中的第一次出现是第几个. 输入格式 第一行包含一个整数n. 第二行包含n个非负整数,为给定的数列,数列中的每个数都不大于10000. 第三行包含一个整数a,为待查找的数. 输出格式 如果a在数列中出现了,输出它第一次出现的位置(位置从1开始编号),否则输出-1. 样例输入 61 9 4 8 3 99 样例输出 2 数据规模与约定 1 <= n <= 1000.     作者注:在做此题的时候,第十行查找相等的时候多循环了一次,因此一直不满分.

组件创建了,就有方法找到这些组件.在DOM.Jquery都有各自的方法查找元素/组件,ExtJS也有自己独特的方式查找组件.元素.本次从全局查找.容器内查找.form表单查找.通用组件等4个方面介绍组件的查找方式. 目录 1. 全局查找方式 2. 容器内查找 3. form查找子组件 4. 通用组件查找方式 1. 全局查找方式 全局查找方式指在整个ExtJS框架中查找组件. 1.1 Ext.getCmp(id) :返回此id对应的组件 说明:此方法是在所有组件中查找匹配此id的组件. 参数: ①

今天这篇博客就聊聊几种常见的查找算法,当然本篇博客只是涉及了部分查找算法,接下来的几篇博客中都将会介绍关于查找的相关内容.本篇博客主要介绍查找表的顺序查找.折半查找.插值查找以及Fibonacci查找.本篇博客会给出相应查找算法的示意图以及相关代码,并且给出相应的测试用例.当然本篇博客依然会使用面向对象语言Swift来实现相应的Demo,并且会在github上进行相关Demo的分享. 查找在生活中是比较常见的,本篇博客所涉及的这几种查找都是基于线性结构的查找.也就是说我们的查找表是一个线性表,我

要自当前光标位置向上搜索,请使用以下命令:         /pattern   Enter           其中,pattern   表示要搜索的特定字符序列.         要自当前光标位置向下搜索,请使用以下命令:         ?pattern   Enter           按下   Enter   键后,vi   将搜索指定的   pattern,并将光标定位在   pattern   的第一个字符处.例如,要向上搜索   place   一词,请键入:        

在程序中,使用查找功能是少之不了.今天在ASP.NET环境下演示一回. 在cshtml视图中,有三个文本框,让用户输入关键词,然后点击最右连的“搜索”铵钮,如果有结果将显示于下面. Html: 表格放2行.一行是标题,一行作为输入框. jQuery代码: controller: 处理好条件,传入数据库中去: 根据需要,你可以使用OR或者AND. 条件中,你可以实现"=","<>","LIKE","BETWEEN xxx AN

本文地址 原文地址 分享提纲: 0. 引子 1. 感性认识GeoHash 2. GeoHash算法的步骤 3. GeoHash Base32编码长度与精度 4. GeoHash算法 5. 使用注意点(曲线突变--8个邻居来解决) 6. geohash的php .python.java.C#实现代码 7. 参考资料 引子 机机是个好动又好学的孩子,平日里就喜欢拿着手机地图点点按按来查询一些好玩的东西.某一天机机到北海公园游玩,肚肚饿了,于是乎打开手机地图,搜索北海公园附近的餐馆,并选了其中一家用餐

jQuery 的选择器常用的元素查找方法 基本选择器: $("#myELement")    选择id值等于myElement的元素,id值不能重复在文档中只能有一个id值是myElement所以得到的是唯一的元素 $("div")           选择所有的div标签元素,返回div元素数组 $(".myClass")      选择使用myClass类的css的所有元素 $("*")             选择文档中

出于安全性的考虑,不建议在bash脚本中注释掉不使用的代码.也就是说如果某段代码不使用了,那么应该删除掉,而不是简单地注释掉.假如你突然意识到这一点,而以前并没有遵从这个原则,现在需要找出脚本中的注释性代码,这可能是一个不小的工作量,让我们写一个脚本来帮助你吧,准确性无法达到百分之百,但是能够提升效率. 1.找出注释性代码的特点. 因为是bash脚本,注释行必然包含# grep "#" 2.判断其是普通注释还是代码注释 这是重点,也是难点,如何判断一个注释行是普通注释还是对代码的注释呢

Linux 文件查找 在Linux系统的查找相关的命令: which 查看可执行文件的位置 whereis 查看文件的位置 locate 配合数据库查看文件位置 find 实际搜寻硬盘查询文件名称 whereis whereis命令是定位可执行文件.源代码文件.帮助文件在文件系统中的位置.这些文件的属性应属于原始代码,二进制文件,或是帮助文件.whereis 程序还具有搜索源代码.指定备用搜索路径和搜索不寻常项的能力. 语法 whereis [-bmsu] 文件或者目录名称 参数 -b 定位可执

请直接查找CWnd类!!! CWnd* cWnd; cWnd= cWnd->FindWindowW(L"kwmusicmaindlg",NULL); CRect cRect; cWnd->GetWindowRect((LPRECT)(&cRect));//得到窗口的矩形 cWnd->MoveWindow(&(CRect(,,,)),);//移动 cWnd->ShowWindow(SW_SHOWMAXIMIZED);//...SW cWnd->

一.查找文件 使用快捷键[ctrl+shift+R]弹出弹出文件查找框,如下图所示: 二.查找包含某个字符串的文件 使用快捷键[ctrl+H]在弹出对话框中选File Search选项,然后在第一个文本框中粘贴(我一般用粘贴)或自已手动录入(容易写错)要查找的字符串(可以是英文字符也可以是汉字),在第二个文本框中输入你所要查找的文件(比如:*.jsp)最后点击Search按钮,这样MyEclipse就会在整个当前的工作空间中查找所有的jsp文件,并把查找结果输出在控制台上,也可以多文件查找,只要

字符串截断函数是指:Stuff 和 SubString,字符串查找函数是:CharIndex 和 PatIndex 一,SubString 截取子串 最常用的字符串函数,用于截取特定长度的子串. SUBSTRING ( expression ,start , length ) 参数说明: start 参数:整数,表示开始位置:字符的序号(index)从1开始,即第一个字符的序号是1: length参数:整数,表示截取字符的最大数量:如果start+Length 大于字符串的总长度,那么返回从St