t检验effect size什么意思

如何计算假设检验的功效（power）和效应量（effect size）？

做完一个假设检验之后,如果结果具有统计显著性,那么还需要继续计算其效应量,如果结果不具有统计显著性,并且还需要继续进行决策的话,那么需要计算功效. 功效(power):正确拒绝原假设的概率,记作1-β. 假设检验的功效受以下三个因素影响: 样本量 (n):其他条件保持不变,样本量越大,功效就越大. 显著性水平 (α): 其他条件保持不变,显著性水平越低,功效就越小. 两总体之间的差异:其他条件保持不变,总体参数的真实值和估计值之间的差异越大,功效就越大.也可以说,效应量(effect size)

效应量Effect Size

sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘(博主亲自录制视频教程) https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share 效应量可以表示两组样本平均数的差异效应量可以用d表示,其公式观察实验组和对照组,效应量越大,两组平均数越远,差异越大效应量不受样本容量的影响.

R笔记单样本t检验功效分析

R data analysis examples 功效分析 power analysis for one-sample t-test单样本t检验例1.一批电灯泡,标准寿命850小时,标准偏差50,40小时的差值是巨大的,此研究设定效应值d= (850-810)/50,希望有90%的可能检测到,即功效值为0.9,还希望有95%的把握不误报显著差异, 问需要多少支电灯泡. H0=850,HA=810 library('pwr') pwr.t.test(d=(850-810)/50,power=0.

如何确定假设检验的样本量（sample size）？

在<如何计算假设检验的功效(power)和效应量(effect size)?>一文中,我们讲述了如何根据显著性水平α,效应量和样本容量n,计算功效,以及如何根据显著性水平α,功效和样本容量n,计算效应量.但这两个应用都属于事后检验,也就是说,就算假设检验之后计算出的功效或效应量不理想,我们也没有办法改变.因此,我们最好事先就把我们想要达到的功效和效应量确定好,然后根据显著性水平α,功效和效应量,计算样本容量n.这种事前检验的应用用得比较多. 此外,我们都知道,如果假设检验选取的样本量很小,那么

统计学常用概念：T检验、F检验、卡方检验、P值、自由度

1,T检验和F检验的由来一般而言,为了确定从样本(sample)统计结果推论至总体时所犯错的概率,我们会利用统计学家所开发的一些统计方法,进行统计检定. 通过把所得到的统计检定值,与统计学家建立了一些随机变量的概率分布(probability distribution)进行比较,我们可以知道在多少%的机会下会得到目前的结果.倘若经比较后发现,出现这结果的机率很少,亦即是说,是在机会很少.很罕有的情况下才出现:那我们便可以有信心的说,这不是巧合,是具有统计学上的意义的(用统计学的话讲,就是能够

R语言-选择样本数量

功效分析:可以帮助在给定置信度的情况下,判断检测到给定效应值时所需的样本量,也可以在给定置信水平的情况下,计算某样本量内可以检测到的给定效应值的概率 1.t检验案例:使用手机和司机反应时间的实验 library(pwr) # n表示样本大小 # d表示标准化均值之差 # sig.level表示显著性水平 # power为功效水平 # type指的是检验类型 # alternative指的是双侧检验还是单侧检验 pwr.t.test(d=.8,sig.level = .05,power = .9

GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

二型错误和功效（Type II Errors and Test Power）

sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘(博主亲自录制视频教程) https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share 二型错误和检验功效 :如果我们想问H1真正正确的概率?或问真实效应?二型错误代表假阴性B代表二型错误的概率 (假阴性)power效应代表真阴

R in action读书笔记（13）第十章功效分析

功效分析功效分析可以帮助在给定置信度的情况下,判断检测到给定效应值时所需的样本量.反过来,它也可以帮助你在给定置信度水平情况下,计算在某样本量内能检测到给定效应值的概率.如果概率低得难以接受,修改或者放弃这个实验将是一个明智的选择. 10.1假设检验速览在研究过程时,研究者通常关注四个量:样本大小.显著性水平.功效和效应值.样本大小指的是实验设计中每种条件/组中观测的数目.显著性水平(也称为alpha)由I型错误的概率来定义.也可以把它看做是发现效应不发生的概率.功效通过1减去II型错误的概

ggstatsplot绘图|统计+可视化，学术科研神器

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/zdSit97SOEpbnR18ARzixw 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. ggstatsplot是ggplot2包的扩展包,可以同时输出美观的图片和统计分析结果,对于经常做统计分析或者生信人来说非常有用. 一准备数据 gapminder 数据集包含1952到2007年间(5年间隔)的142个国家的life expectancy, GDP per capita, 和 po

GWAS这十年 | 10 Years of GWAS Discovery: Biology, Function, and Translation

相关文章: A Unified Framework for Association Analysis with Multiple Related Phenotypes 太重要了,不得不单独拿出来分析一下.本review高度总结了GWAS这10年的成绩.以及现在的局限性.每个搞统计遗传的都必须要好好看看. 第一篇GWAS是什么时候?谁提出的?The first successful GWAS published in 2002 studied myocardial infarction. Ozak

R数据分析：样本量计算的底层逻辑与实操，pwr包

样本量问题真的是好多人的老大难,是很多同学科研入门第一个拦路虎,今天给本科同学改大创标书又遇到这个问题,我想想不止是本科生对这个问题不会,很多同学从上研究生到最后脱离科研估计也没能把这个问题弄得很明白,那么希望大伙儿在看了这篇文章能够更加深入地理解样本量计算的逻辑,也能对大家的科研设计中的样本量设计部分有所启发. 样本量计算的逻辑还记得我们最开始接触统计推断的时候,大家都知道一个词叫做原假设,原假设一般来讲都是"阴性的",我们统计推断要做的事情便是推翻原假设从而得出有"统计

A/B Testing的简要知识

A/B testing主要用来检测网站或者APP的两个版本中哪一个更好,它的中心思想是把流量一分为二,一份用作experiment group,访问新的版本,另一份用作control group,访问旧的版本. 假设现在有一个网站,要测试是否增大网页Register的字体,可以增加注册用户. 进行AB testing,首先要选择Unit of Diversion, 就是把实验分成两组的标准.在这个实验中,可以选择unique cookies to view the web page. 然后要选定

FSL - MELODIC

Source: http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/MELODIC; https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/MELODIC/FAQ#How_do_I_transform_the_MELODIC_results_from_a_low-resolution_space_to_a_higher-resolution_one.3F Research Overview MELODIC ( Multivariate Explor

Notes: Principles of fMRI 1 (Coursera)

course link: https://class.coursera.org/fmri1-001 Part 1 ❤ Three fundmental goals in fMRI: localization (brain mapping approach: task comparison, brain-behavior correlation, information-based mapping); connectivity (functional connectivity (seed-bas

PS网页设计教程XXX——在PS中创建一个漫画书主题网页布局

作为编码者,美工基础是偏弱的.我们可以参考一些成熟的网页PS教程,提高自身的设计能力.套用一句话,“熟读唐诗三百首,不会作诗也会吟”. 本系列的教程来源于网上的PS教程,都是国外的,全英文的.本人尝试翻译这些优秀的教程.因为翻译能力有限,翻译的细节上还有待推敲,希望广大网友不吝赐教. 约定: 1.本文的软件是Photoshop CS5版本 2.原教程的截图是英文的,本人在重新制作的基础上,重新截了中文版的图 3.原文中有些操作没有给出参数.本人在反复测试的情况下测定了一些参数,以红色的文字显示.

双日历插件--jq datepicker时间范围选择

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What does a Bayes factor feel like?（转）

A Bayes factor (BF) is a statistical index that quantifies the evidence for a hypothesis, compared to an alternative hypothesis (for introductions to Bayes factors, see here, here or here). Although the BF is a continuous measure of evidence, humans

GWAS：拒绝假阳性之case和control数量比例严重失衡的解决方案（SAIGE模型的应用）

一.为什么要校正case和control数量比例不平衡情况试问作为生信届人员,最怕的是什么,当然是统计结果不靠谱.统计结果不靠谱包括两方面:一个是假阴性,一个是假阳性.假阴性可以理解为白天鹅被误当成丑小鸭了,假阳性可以理解为一大堆青蛙,你不知道哪个才是你的真命天子.假阴性就罢了,最多让你错过发现真理的机会,但万一假阳性呢,你拿着一个看似完美的结果吭哧吭哧做实验验证,一年半载的周期下来,什么结果都验证不出来,岂不是坑了做实验的人.因此,我们就要在源头上,把这个不靠谱的统计结果杜绝出去. 上一篇文

文献笔记：Genome-wide associations for birth weight and correlations with adult disease

该文献纳入了EGG(Early Growth Genetics Consortium)和UK biobank两大数据库,分为欧洲祖先和非欧洲祖先群体.这两个数据用到的样本量分别如下: Early Growth Genetics Consortium(网址:http://egg-consortium.org/) » 30 studies (European ancestry) N=75,891 » 6 studies (Non-European ancestry), N=10,104 UK Bio

巴特西