1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast

1)  产生背景---------------------------------------------------2002年的时候,随着人类基因组项目不断推进,需要将大量ESTs(300万) 及mouse基因组的reads (130万)比对到人类基因组来进行注释,而这项任务需要在2周内完成 (90 CPU  Linux 集群),因为blast工具速度相对偏慢,结果也不易处理,无法提供intron 的信息等,因此一款新的比对软件的开发迫在眉睫.为了完成这项任务,W.James Kent(UCS

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit

建议94:区别对待override和new override和new使类型体系应为继承而呈现出多态性.多态要求子类具有与基类同名的方法,override和new的作用就是: 如果子类中的方法前面带有new关键字,则该法被定义为独立于基类的方法. 如果子类中的方法前面带有override关键字,则子类的对象将调用该方法.而不调用基类的方法. 我们来看一个继承体系: public class Shape { public virtual void MethodVirtual() { Console.

转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等.这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq).其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化.如果是mRNA测

以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisites,其中就可能用到了blast,而之前一直找这个版本的blast,在ncbi硬是没有找到: For RMBlast ( NCBI Blast modified for use with RepeatMasker/RepeatModeler ) please go to our download pa

所谓泛型,就是在定义类.接口.方法.参数或成员变量的时候,指定它们操作对象的类型为通用类型. 使用 尖括号 <> 操作符 (The diamond operator )表示泛型, 尖括号内可以放置大写字母 (代表一个未知类型) 或问号 ? (代表若干个类型)作为参数.比如,习惯上选择以下字母代表某种类型: T 意味某种类型 E 意味 链表.数组里的元素,如List<E> list 表示 list 里的元素. K意味map(k,v) 里的键值 Key V 意味 返回或映射的值. 然而

经常有人问这种问题,用了些时间java之后,发现这俩玩意除了一小部分壳子长的还有能稍微凑合上,基本上没什么相似之处,可以说也就是马甲层面上的相似吧,还是比较短的马甲... 一般C#多用于业务系统的开发,快速实现,微软官方的各种封装,各种语法糖,使得c#在语义语法层面上更人性化,开发思路更专注于业务逻辑,对技术的实现并不需要关心的很细(当然这是指初级的入门程度),不过也带来的一些缺陷,当表面上的功夫不能满足的时候,.net程序员就不得不去了解微软封装起来的东西,所以我认识的.net程序员几乎人手一

jqery的语法和js的语法一样,算是把js升级了一下,这两种语法可以一起使用,只不过是用jqery更加方便 一个页面想要使用jqery的话,先要引入一下jqery包,jqery包从网上下一个就可以,一般用带有min的,是压缩版的,如果还要引用其他js文件的话,一定要juery包在上面,其他的引用放在他下面 先来看看如果使用Juery的话,怎么来引用Juery包 这样来引用,然后就可以用Juery方法了 和js的语法一样,都是写在<script type = "text/javascrip

来微信支付有2年多了,从2年前的互联网模式转变为O2O模式,主要的场景是跟线下的商户去打交道,不像以往的互联网模式,有产品经理提需求,我们帮忙去解决问题. 转型后是这样的,团队成员更多需要去寻找业务的方向,思考能为商户或者业务做点什么来体现其身价值,这样的转变是机会也是挑战,我一直相信在特别的环境下能迅速磨练出了跨岗位技能和综合素质,然而一路走来也发现了自己的短板(所谓的产品思维),并非想提升就可以,有时候感到自己很无能. 于是这样熬过来,暗示自己保持积极乐观的心态,平时使用一些通用的方法来提醒

一.问题来源 一直没有搞清楚NSString.NSArray.NSDictionary--属性描述关键字copy和strong的区别,看别人的项目中属性定义有的用copy,有的用strong.自己在开发中也是没有认真的去研究,至于使用copy还是用strong完全是根据心情随性而为,也一直没有出什么问题.可苹果竟然分了两个关键字,就肯定有其用意,为了提高自己还是要仔细的搞清楚其中之差别!好了,废话说完进入正题. 二.对象属性描述copy与strong的区别 直接上代码: ``` @propert

x86是指intel的开发的一种32位指令集,从386开始时代开始的,一直沿用至今,是一种cisc指令集,所有intel早期的cpu,amd早期的cpu都支持这种指令集,ntel官方文档里面称为"IA-32" x84_64是x86 CPU开始迈向64位的时候,有2选择:1.向下兼容x86.2.完全重新设计指令集,不兼容x86.AMD抢跑了,比Intel率先制造出了商用的兼容x86的CPU,AMD称之为AMD64,抢了64位PC的第一桶金,得到了用户的认同.而Intel选择了设计一种不兼

相同 Comparable和Comparator都是用来实现对象的比较.排序 要想对象比较.排序,都需要实现Comparable或Comparator接口 Comparable和Comparator都是Java的接口 区别 Comparator位于java.util包下,而Comparable位于java.lang包下 Comparable接口的实现是在类的内部(如 String.Integer已经实现了Comparable接口,自己就可以完成比较大小操作),Comparator接口的实现是在类

在用mysql客户端对数据库进行操作时,打开终端窗口,如果一段时间没有操作,再次操作时,常常会报如下错误: ERROR (HY000): Lost connection to MySQL server during query ERROR (HY000): MySQL server has gone away No connection. Trying to reconnect... 这个报错信息就意味着当前的连接已经断开,需要重新建立连接. 那么,连接的时长是如何确认的? 其实,这个与inte

直接正题: 看一下line-height可能的值: 其实可以分为两类: (1)不带单位的(如line-height:1.5),这种是推荐使用的: (2)带单位的(如line-heigth:30px/1.5em/150%); 这两种有什么区别呢? 其实只要记住: 一. 设置的如果是不带单位的(第一种),那它就是"缩放因子",后代元素会继承这个缩放因子而不是继承父级的计算后的值,例如: <div style="line-height:1.5;font-size:12px;

这篇文章将会很短...短到比你的JJ还短,当然开玩笑了.网上有说过Length和count的区别,都是很含糊的,我没有发现有 文章说得比较透彻的,所以,虽然这篇文章很短,我还是希望能留在首页,听听大家对这个话题的看法,如果不信的话,你还真搜不到类似的文章,反正我是没搜索到. 也许有些观点是错的,或者不正确的,还请指出:我的观点是: Length:用于计算连续内存区域的一些“对象”的长度,而使用Count()计算非连续内存块的对象集合的“个数”: Length是这个集合对象的一个特有的属性,它 继

select.poll.epoll之间的区别总结 05/05. 2014 select,poll,epoll都是IO多路复用的机制.I/O多路复用就通过一种机制,可以监视多个描述符,一旦某个描述符就绪(一般是读就绪或者写就绪),能够通知程序进行相应的读写操作.但select,poll,epoll本质上都是同步I/O,因为他们都需要在读写事件就绪后自己负责进行读写,也就是说这个读写过程是阻塞的,而异步I/O则无需自己负责进行读写,异步I/O的实现会负责把数据从内核拷贝到用户空间.关于这三种IO多路

GET和POST是HTTP请求的两种基本方法,要说它们的区别,接触过WEB开发的人都能说出一二. 最直观的区别就是GET把参数包含在URL中,POST通过request body传递参数. 你可能自己写过无数个GET和POST请求,或者已经看过很多权威网站总结出的他们的区别,你非常清楚知道什么时候该用什么. 当你在面试中被问到这个问题,你的内心充满了自信和喜悦. 你轻轻松松的给出了一个"标准答案": GET在浏览器回退时是无害的,而POST会再次提交请求. GET产生的URL地址可以被

 isEmpty和isNull()区别一个NULL字符串一定是一个空串,一个空串未必是一个NULL字符串例如:QString().isNull():   //结果为trueQString().isEmpty();  //结果为trueQString("").isNull();   //结果为falseQString("").isEmpty();   //结果为true批注:  一个NULL字符串就是使用QString的默认构造函数或者使用(const char*)0