marker gene展示

单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Re

百度地图Marker优化方案

简介在使用百度地图的时候,我们需要在地图上增加标注Marker来展示设置信息.随着用户需要不断增多,加载更多的Marker标注信息成为了一种奢望.然而通过自己技术的提升,归结出来了一下方案. 引入百度地图需要在百度http://lbsyun.baidu.com/index.php?title=jspopular注册为开发者.此过程略过... <head> <script type="text/javascript" src="http://api.map

CSS ::marker 让文字序号更有意思

本文将介绍 CSS 中一个比较有意思的伪元素 ::marker,利用它,我们可以让我们的文字序号变得更加的有意思! 什么是 ::marker CSS 伪元素 ::marker 是从 CSS Pseudo-Elements Level 3 开始新增,CSS Pseudo-Elements Level 4 中完善的一个比较新的伪元素,从 Chrome 86+ 开始得到浏览器的支持. 利用它,我们可以给元素添加一个伪元素,用于生成一个项目符号或者数字. 正常而言,我们有如下结构: <ul> <

单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习.这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍,这回我换一个数据集,细胞类型更多,同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧. 1. 导入数据,创建Seurat对象 library(Seurat) library(tidyverse) testdf=read.table("test_20210105.txt",head

QIIME1 聚OTU

qiime 本身不提供聚类的算法,它只是对其他聚otu软件的封装根据聚类软件的算法,分成了3个方向: de novo: pick_de_novo_otus.py closed-reference: pick_closed_reference_otus.py open-reference OTU: pick_open_reference_otus.py 不同算法的优缺点: de novo: pick_de_novo_otus.py 优

单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）

在上一篇中,我已经讲解了展示marker基因的前两种图形,分别是tsne/umap图.热图,感兴趣的读者可以回顾一下.这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图. 3. 堆叠小提琴图展示marker基因相比于其他可视化形式,小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况.我的marker基因一共选了12个,下面来画图: Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画, library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx",

基于高德地图的描点操作，监听地图缩放，展示合理数量的marker

原文:基于高德地图的描点操作,监听地图缩放,展示合理数量的marker 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. https://blog.csdn.net/lx583274568/article/details/54089707 1.根据两点经纬度算两点之间的距离函数 function Rad(d){ return d * Math.PI / 180.0;//经纬度转换成三角函数中度分表形式. } //计算距离,参数分别为第一点的纬度,经度:第二点的纬度,经度 function G

Angularjs+node+Mysql实现地图上特定点的定位以及附加信息展示

注:本博文为博主原创,转载请注明出处. 在上一篇博文中主要讲述了如何利用AngularJs+Node+MySql构建项目,并实现地图上的多点标注,今天在这篇文章中,我们将在上一个项目的基础上,实现特定点的定位以及附加信息的展示.这样我们的项目就更加完善了,从宏观上看到每个点,从微观上分析每个点的不同.这种方法往往在大数据可视化方面很有效果. Angularjs+node+Mysql实现地图上的多点标注原文地址:http://www.cnblogs.com/DonaHero/p/5815595.h

LBS数据分析：使用地图展示统计数据——麻点图与麻数图

作为一个LBS的APP,都获得了用户经纬度,也都使用了友盟统计.google ana等等统计分析系统,不过没有地图展示功能,不能进行直观的展示. 友盟统计.google ana等系统是总体数据统计,无法和业务结合起来,比如淘宝提供每个店.每个商品的用户统计. 当有上述需求时,就需要自己服务器保存一份经纬度,进行统计,这时候如何直观的展示? 查看各个地图开放平台的文档,发现有的提供了“麻点图/点聚合(Marker Cluster)”功能. 原理是:把每个点都画在地图上,缩放时累加聚合. 缺点:只能

Arcgis for Javascript API下类似于百度搜索A、B、C、D marker的实现方式

原文:Arcgis for Javascript API下类似于百度搜索A.B.C.D marker的实现方式多说无益,首先贴两张图让大家看看具体的效果: 图1.百度地图搜索结果图2.Arcgis for JavaScript实现的效果看到了效果,是不是各位有点小鸡动,是不是也宠宠欲动,有木有?但是具体是怎么实现的呢?下面我来详细的给各位说说我的实现思路吧. 第一,数据. 其实搜索的对象从类型上来说,应该是点.线.面都支持的,但是在实际的操作过程中,不论是百度还是我自己做的时候,都会将所有

【高德地图API】从头德国高中生JS API（三）覆盖物——大喊|折线|多边形|信息表|聚合marker|点蚀图|照片覆盖

覆盖物,是一张地图的灵魂.有覆盖物的地图.才是完整的地图.在一张地图上,除了底层的底图(瓦片图,矢量图),控件(有功能可操作的工具).最重要最必不可少的就是覆盖物了.覆盖物有多种.包含.标注.折线.多边形.信息窗体.聚合marker.麻点图和图片覆盖物. 本文会具体介绍每一种覆盖物的概念.加入方法,改动方法.移除方法等.最后会提供演示样例和源码下载. 演示样例demo:http://zhaoziang.com/amap/zero_3_1.html ------------------------

【高德地图API】从零开始学高德JS API（三）覆盖物——标注|折线|多边形|信息窗口|聚合marker|麻点图|图片覆盖物

原文:[高德地图API]从零开始学高德JS API(三)覆盖物——标注|折线|多边形|信息窗口|聚合marker|麻点图|图片覆盖物摘要:覆盖物,是一张地图的灵魂.有覆盖物的地图,才是完整的地图.在一张地图上,除了底层的底图(瓦片图,矢量图),控件(有功能可操作的工具),最重要最不可缺少的就是覆盖物了.覆盖物有多种,包括,标注.折线.多边形.信息窗口.聚合marker.麻点图和图片覆盖物.本文会详细介绍每一种覆盖物的概念,添加方法,修改方法,移除方法等.最后会提供示例和源代码下载. 示例dem

百度地图JavascriptApi Marker平滑移动及车头指向行径方向

相信只要是使用百度地图做实时定位服务的朋友都会遇到这个问题,在对坐标位置进行覆盖物展示的时候,会出现由于获取坐标数据时间或者两个坐标点相距过远,导致在视觉上看Marker移动就像"僵尸跳"一样,一蹦一蹦的给客户看分分钟鄙视你到不能自已.另外如果用的是有指向性图标ICON的时候,更会引来吐槽~诶诶诶,你这小车车怎么在这个立交桥转弯的时候车头向着后面呢?怎么搞得嘛你!会不会弄啊你! 所以今天参照百度大大提供的路书开源文件实现下自己的需求,记录一下以便提供参考. 一.覆盖物在获取坐标数据的同

android高德地图网络路径实现自定义marker并点击弹出自定义窗口

android中使用地图的地方随处可见,今天记录一下网络路径生成自定义marker,点击标记弹出自定义的窗口(在这里使用的是高德地图) 在这里我们使用Grilde去加载网络图片,因为这个简直太方便了! 在android studio下,在app/build.gradle文件当中添加如下依赖: compile 'com.github.bumptech.glide:glide:3.7.0' 接下来就是代码的实现部分代码注释的比较详细 /** * Created by Yyyyq on 2018/4

好久好久没写，，百度API逆地址解析以及删除指定marker

百度地图Api中除覆盖物有两个方法:map.removeOverlay()或者 map.clearOverlays(),其中 clearOverlays()方法一次移除所有的覆盖物removeOverlay()一次移除一个指定覆盖物 <html> <head> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" /> <meta name=&

高德地图添加marker及反地理编码获取POI

项目中集成百度.高德.腾讯地图已是司空见惯的事情,今天我总结了一下项目中用到的高德地图常用的功能: 1.展示高德地图并定位显示定位图标: 2.添加实时大头针: 3.反地理编码获取周围兴趣点效果如下: 现在开始展示集成流程一.显示地图 1.申请key 至于如何申请高德地图开发者账号,请自行百度.在高德开放平台->控制台->创建新应用 ->添加新Key 需提前获取 SHA1: keytool -v -list -keystore keystore 文件绝对路径或者先定位到keystor

highly variable gene | 高变异基因的选择 | feature selection | 特征选择

在做单细胞的时候,有很多基因属于noise,就是变化没有规律,或者无显著变化的基因.在后续分析之前,我们需要把它们去掉. 以下是一种找出highly variable gene的方法: The feature selection procedure is based on the largest difference between the observed coefficient of variation (CV) and the predicted CV (estimated by a no

【Android】3.8 定位图层展示

分类:C#.Android.VS2015.百度地图应用: 创建日期:2016-01-27 一.简介 Android定位SDK v6.2.2(全球定位支持)提供GPS.基站.Wi-Fi等多种定位方式,适用于室.内外多种定位场景:定位精度高(GPS精度10m,基站精度240m,Wi-Fi精度27m).覆盖率广(移动.联通.电信全覆盖,基站覆盖率99%,WIFI覆盖率99%).网络定位请求流量小(0.3K/次).定位速度快(IP定位速度小于0.2S,正常环境下网络定位速度在1s以内). 具体内容请参看

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的

Arcgis for JS扩展GraphicLayer实现区域对象的聚类统计与展示

功能需求: 分省市统计并展示全国雨量站的数目与位置. 常规做法: 分省市雨量站的数目通过统计表的形式在页面端展示,位置根据XY坐标信息将雨量站标绘在图上. 优化做法: 去掉统计图的展示方式,直接将各省市雨量站的数量信息与位置信息展示在图上,如下图所示: 雨量站的分省市统计与展示处理思路: 首先,提取各省/市的中心点或者省会城市X与Y坐标信息,在本实例中使用的是省会城市的XY坐标信息,用来显示各省市雨量站的分布. 接着,分省/市统计各省市雨量站的个数,并将其根据个数分颜色.大小将其展示在图上.

巴特西