一.为什么要校正case和control数量比例不平衡情况 试问作为生信届人员,最怕的是什么,当然是统计结果不靠谱.统计结果不靠谱包括两方面:一个是假阴性,一个是假阳性.假阴性可以理解为白天鹅被误当成丑小鸭了,假阳性可以理解为一大堆青蛙,你不知道哪个才是你的真命天子.假阴性就罢了,最多让你错过发现真理的机会,但万一假阳性呢,你拿着一个看似完美的结果吭哧吭哧做实验验证,一年半载的周期下来,什么结果都验证不出来,岂不是坑了做实验的人.因此,我们就要在源头上,把这个不靠谱的统计结果杜绝出去. 上一篇文

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

一.相关性分析 1.简介 计算两个系列数据之间的相关性是统计中的常见操作.在spark.ml中提供了很多算法用来计算两两的相关性.目前支持的相关性算法是Pearson和Spearman.Correlation使用指定的方法计算输入数据集的相关矩阵.输出是一个DataFrame,其中包含向量列的相关矩阵. 2.代码实现 package ml import org.apache.log4j.{Level, Logger} import org.apache.spark.ml.linalg.{Matr

有很多概念需要明确区分: 人有23对染色体,其中22对常染色体autosome,另外一对为性染色体sex chromosome,XX为女,XY为男. 染色体区带命名:在标示一特定的带时需要包括4项:①染色体号:②臂的符号:③区号:④在该区内的带号. 1p22表示为1号染色体短臂2区2带. 等位基因其实是一个集合,在同一个locus出现得基因型互为等位基因.Aa不能叫等位基因,正确的逻辑是:A和a是一组等位基因.由等位基因可以定义纯合和杂合. 二倍体与多倍体细胞的某些染色体上,在同一基因座上有相同

对“Gary.csv”中的成绩数据进行统计量分析 用cor函数来计算相关性,method默认参数是用pearson:并且遇到缺失值,use默认参数everything,结果会是NA 相关性分析 当值r>1时,正相关,一个变量增加或减少时,另一个变量也相应增加或减少 当值r=1时,无相关,说明两个变量相互独立,有一个变量值无法预测另一个变量值 当值r<1时,负相关,一个变量增加或减少时,另一个变量也相应减少或增加 相关系数取值范围限于: -1 <= r <= +1 好严格的对称性 如

============================================================== Popular generalized linear models 将不同类型的数据做数值转换,转换为线性模型. 连续型变量且正态分布选择 离散型变量且二项分布选择logistics 计数变量且负二项分布选择自然对数 負二項分布是統計學上一種描述在一系列独立同分布的伯努利试验中,失败次数到达指定次数(记为r)时成功次数的離散概率分布. 比如,如果我们定义掷骰子随机变量x值

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个

基于R进行相关性分析 一.相关性矩阵计算: [1] 加载数据: >data = read.csv("231-6057_2016-04-05-ZX_WD_2.csv",header=FALSE) 说明:csv格式的数据,header=FALSE 表示没有标题,即数据从第一行开始. [2]  查看导入数据的前几行, >head(data) [3] 删除数据的7,8列,都是0 >data = data[1:6] >head(data) [4] 计算相关性矩阵(可以自己

百度到<金庸小说全集 14部>全(TXT)作者:金庸 下载下来,然后读取内容with open('names.txt') as f: data = [line.strip() for line in f.readlines()] novels = data[::2] names = data[1::2] novel_names = {k: v.split() for k, v in zip(novels, names)} //可以在这里打印下看是不是都读取过 //开始分词并加载 for _,

#-*- coding: utf-8 -*- #餐饮销量数据相关性分析 计算相关系数 from __future__ import print_function import pandas as pd catering_sale = '../data/catering_sale_all.xls' #餐饮数据,含有其他属性 data = pd.read_excel(catering_sale, index_col = u'日期') #读取数据,指定“日期”列为索引列 print("相关系数矩阵,即

https://www.cnblogs.com/fanling999/p/5857122.html 一.相关性矩阵计算: [1] 加载数据: >data = read.csv("231-6057_2016-04-05-ZX_WD_2.csv",header=FALSE) 说明:csv格式的数据,header=FALSE 表示没有标题,即数据从第一行开始. [2]  查看导入数据的前几行, >head(data) [3] 删除数据的7,8列,都是0 >data = da

试题 H: 人物相关性分析时间限制: 1.0s 内存限制: 512.0MB 本题总分: 20 分[问题描述]小明正在分析一本小说中的人物相关性.他想知道在小说中 Alice 和 Bob有多少次同时出现.更准确的说,小明定义 Alice 和 Bob“同时出现”的意思是:在小说文本中 Alice 和 Bob 之间不超过 K 个字符.例如以下文本:This is a story about Alice and Bob. Alice wants to send a private message to

最近常听同事提及相关性分析,正巧看到这个google的开源库,并把相关操作与调试结果记录下来. 输出结果: 比较有意思的巧合是黄蓉使出打狗棒,郭靖就用了降龙十八掌,再后测试了名词的解析. 小说集可以百度<金庸小说全集 14部>全(TXT)作者:金庸 下载下来.需要整理好格式,门派和武功名称之间需要有换行符,留意删除掉最后一行的空白区域.下载完成后可以用自己习惯的工具或程序做相应调整,因语料内容太长,博客里面不允许"堆砌",所以没复制上来,有需要的可以再联系. with op

试题 H: 人物相关性分析 时间限制: 1.0s 内存限制: 512.0MB 本题总分:20 分 [问题描述] 小明正在分析一本小说中的人物相关性.他想知道在小说中 Alice 和 Bob 有多少次同时出现. 更准确的说,小明定义 Alice 和 Bob"同时出现"的意思是:在小说文本 中 Alice 和 Bob 之间不超过 K 个字符. 例如以下文本: ThisisastoryaboutAliceandBob.AlicewantstosendaprivatemessagetoBob.

两个变量之间存在确定性:关系和不确定关系(会存在一定的波动范围),就好比你的亲生母亲绝对只有一个,而你的亲叔叔可能有好几个(可以在1叔—4叔之间波动) 相关性一般分为   1:强正相关关系  (一个值会随着另一个值的增加而增加,增加幅度很明显) 2:弱正相关关系   (一个值会随着另一个值的增加而稍增加,增加幅度不太明显,但是有变化趋势) 3:负正相关关系  (一个值会随着另一个值的增加而减少,减少幅度很明显) 4:弱负相关关系   (同弱正相关关系一个原理) 5:非线性相关关系 (说明两个变量

## 最近两天的成果 ''' ########################################## # # # 不忘初心 砥砺前行. # # 418__yj # ########################################## ''' import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from scipy.stats import pearsonr import dat

请分析以下PHP代码的输出结果: $a= 'dog'; switch($a) { case 'cat': echo "\$a is cat"; case 'dog': echo "\$a is dog"; case 'pig': echo "\$a is pig"; } 最终的输出结果是:$a is dog $a is pig 原因分析: switch会根据条件,跳转到第一个匹配的case处开始执行.case只是一个供switch跳转的标记,并没

源代码版本号来自3.1rc 转载请注明 cocos2d-x源代码分析总文件夹 http://blog.csdn.net/u011225840/article/details/31743129 1.继承结构        control的设计总体感觉挺美的,在父类control定义了整个控制事件的基础以及管理,尽管其继承了Layer,但其本身和UI组件的实现并没有关联. 在子类(controlButton,controlSwitch,controlStepper等中实现不同的UI组件).以下通过源

先说独立与相关的关系:对于两个随机变量,独立一定不相关,不相关不一定独立.有这么一种直观的解释(不一定非常准确):独立代表两个随机变量之间没有任何关系,而相关仅仅是指二者之间没有线性关系,所以不难推出以上结论. 衡量随机变量相关性的方法主要有三种:pearson相关系数,spearman相关系数,kendall相关系数: 1.连续数据,正态分布,线性关系,用pearson相关系数是最恰当,当然用spearman相关系数也可以,   就是效率没有pearson相关系数高. 2.上述任一条件不满足,

Pearson相关系数 考察两个事物(在数据里我们称之为变量)之间的相关程度,简单来说就是衡量两个数据集合是否在一条线上面.其计算公式为: 或或 N表示变量取值的个数. 相关系数r的值介于–1与+1之间,即–1≤r≤+1.其性质如下: 当r>0时,表示两变量(当X的值增大(减小),Y值增大(减小))正相关,r<0时,两变量为负相关(当X的值增大(减小),Y值减小(增大)). 当|r|=1时,表示两变量为完全线性相关,即为函数关系. 当r=0时,表示两变量间无线性相关关系. 当0<|r|&

衡量随机变量相关性的方法主要有三种:pearson相关系数,spearman相关系数,kendall相关系数: 1.       pearson相关系数,亦即皮尔逊相关系数 pearson相关系数用来衡量两个随机变量之间的相关性 R语言中求两个随机变量pearson相关系数的函数: 1//赋予a,b向量值 2a<-c(1,2,3) 3b<-c(11,12,14) 4 5//计算pearson相关系数 6cor.test(a,b,method="pearson") 结果 Pe