基因表达谱数据 基因表达谱可以用一个矩阵来表示,每一行代表一个基因,每一列代表一个样本(如图1).所有基因的表达谱数据在“gene_exp.txt”文件中存储,第一列为基因的entrez geneid,第2~61列是疾病样本的表达,第62~76列是正常样本的表达. 图1 基因表达谱的矩阵表示 寻找差异表达的基因: 原理介绍: 差异表达分析是目前比较常用的识别疾病相关miRNA以及基因的方法,目前也有很多差异表达分析的方法,但比较简单也比较常用的是Fold change方法.它的优点是计算简单直观

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is

fold change 英文简称 : FC 中文全称 : 倍性变化 所属分类 : 生物科学 词条简介 : 一种用于描述两个用于相比的对象数量差异的方法.例如,第一个样本和第二个样本的量是50/10,那么FC(Ratio)就是5,反之就是0.2. 用这种方法分析微阵列的数据可以说明: 1)从基因表达的绝对值而来的表达变化是有意义的: 2)这种方法可以说明基因表达变化是否显著: 3)可以利用这种模型用于有效数据的筛选.

转自:https://zhidao.baidu.com/question/2052933434631672387.html 1.解释 解释:表达值倍数变化 ,分析,消除可能的混杂因素,必要时可以用读段 的绝对表达值倍数变化(fold-change)来作为补充. Fold change 用于描述一个初始值到一个最终值的变化程度. 1.例如,若初始值为30,最终值为60,则相应的fold change为2,或者可以描述为一个2折的增长.fold change仅仅靠最终值与初始值的比率计算即可得到.

声明:原创作品,转载时请注明文章来自SAP师太技术博客( 博/客/园www.cnblogs.com):www.cnblogs.com/jiangzhengjun,并以超链接形式标明文章原始出处,否则将追究法律责任!原文链接:http://www.cnblogs.com/jiangzhengjun/p/4296224.html 尽管上层的数据目标做Detal更新时,是从Change Log表里抽数的,数据删除也不会造成后继新增的到其他数据目标的抽数问题,因为初始化是从Active表里抽数,而只有增

使用select组件和表格组件结合起来用,但是发现在点击下一页的时候,由于select当中的数据发生了变化,所以也会触发select当中的change事件,但是我只希望在我主动改变select组件当中的数据的时候才触发change事件要怎么办呢? 去看element-ui的官方文档后发现select组件当中还有个visible-change事件,在visible-change事件当中添加个数据起到开关的作用,只有在点击下拉的时候‘开关’才打开. 才能执行change事件.当点击下一页的时候将开关

文献名:ComplexBrowser: a tool for identification and quantification of protein complexes in large-scale proteomics datasets(大规模蛋白组学数据集中鉴定和定量蛋白复合物) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年11月) IF:4.828 单位:南丹麦大学生物化学与分子生物学系和VILLUM生物分析科学中心 物种:人和小鼠 技术:ComplexBrow

大数据篇:Spark Spark是什么 Spark是一个快速(基于内存),通用,可扩展的计算引擎,采用Scala语言编写.2009年诞生于UC Berkeley(加州大学伯克利分校,CAL的AMP实验室),2010年开源,2013年6月进入Apach孵化器,2014年成为Apach顶级项目,目前有1000+个活跃者.就是说用Spark就对了. Spark支持Scala,Java,R,Python语言,并提供了几十种(目前80+种)高性能的算法,这些如果让我们自己来做,几乎不可能. Spark得到

插值查询:如果有这样一张表,有一列叫水位,有一列叫库容,比如下面的图. 我现在想做这么一件事情:对于这个测站而言,当我输入某一个水位或者库容的时候,想要查询到对应的水位或者库容呢? 而这个值不一定是存在数据库中的,也许这只是一个推导出来的近似值呢? 算法要点:如果这个输入的值是位于数据库值的某一个区间内的话,那么取最小的区间,然后求这个区间内单位数量的值. 大家听得可能有点不太明白,我画张图. 呵呵,应该有点眉目了吧?这个第一步也是最重要的一步就是确定区间哦 算法的话很简单,用一句公式来概括就是

数据更改 oracle core完成了oracle的核心功能,recovery,读一致性等. 深入的了解oracle的机制,就从一个最简单的更新开始.对于oracle来说,最大的一个特性就是写了两次数据: 写数据到数据文件中 写数据的变更日志到日志文件中 对于最常见的数据更新来说,oracle主要做了一下动作: 创建数据块变更的日志记录即 redo change vector 创建数据块的映像即undo record 创建undo数据块变更的日志记录 更新数据块 下面就以update为例:记录变

目录 一.背景介绍 二.常见方案 1. 停机迁移 2. 业务双写 3. 增量迁移 三.Change Stream 介绍 监听的目标 变更事件 四.实现增量迁移 五.后续优化 小结 附参考文档 一.背景介绍 最近微服务架构火的不行,但本质上也只是风口上的一个热点词汇. 作为笔者的经验来说,想要应用一个新的架构需要带来的变革成本是非常高的. 尽管如此,目前还是有许多企业踏上了服务化改造的道路,这其中则免不了"旧改"的各种繁杂事. 所谓的"旧改",就是把现有的系统架构来一

一 简介:今天咱们来聊聊mysql的change buffer二 详细说明   1 +-change Buffer和数据页一样,也是物理页的一个组成部分,数据结构也是一颗B+树,这棵B+树放在共享表空间中,默认ibdata1中.change buffer 写入系统表空间机制应该和普通表的脏页刷新到磁盘是相同的机制--Checkpoint机制  2  具体查看   show engines inndo status 过滤   Ibuf: size 1, free list len 14316, s

change buffer是一种特殊的数据结构,当要修改的辅助索引页不在buffer pool中时,用来cache对辅助索引页的修改.对辅助索引页的操作可能是insert.update和delete操作.等到相关的索引页被读入buffer pool中后,才会使用change buffer中的内容对辅助索引页进行修改(即merge操作). 和聚集索引不同,辅助索引通常是不唯一的,插入辅助索引通常也是随机的.同样,对辅助索引的删除.更新也通常是不连续的. 等到相关的索引页被读入buffer pool

第一章 Spark 性能调优 1.1 常规性能调优 1.1.1 常规性能调优一:最优资源配置 Spark性能调优的第一步,就是为任务分配更多的资源,在一定范围内,增加资源的分配与性能的提升是成正比的,实现了最优的资源配置后,在此基础上再考虑进行后面论述的性能调优策略. 资源的分配在使用脚本提交Spark任务时进行指定,标准的Spark任务提交脚本如代码清单2-1所示: 代码清单2-1 标准Spark提交脚本 /usr/opt/modules/spark/bin/spark-submit \ --

摘要:Linux下串口编程遇到的接收数据错误及原因 来源:https://dotblogs.com.tw/k/2012/07/24/73572 近日在调试串口的时候发现,另一设备向我ARM板的串口发送0x0d,我接收之后变成了0x0a,这是问题一:另外当对方向我发送一串数据,如果其中有0x11,那么我总是漏收此数,这是问题二. 由于问题莫名其妙,以为是笔记本的USB转232线缆的问题,换,问题依旧. 以为是对方设备的问题,采用串口调试助手模拟通讯设备与ARM板通讯,问题依旧. 无奈才去查看资料,

版本:V2.0 第一章       Spark 性能调优 1.1      常规性能调优 1.1.1   常规性能调优一:最优资源配置 Spark性能调优的第一步,就是为任务分配更多的资源,在一定范围内,增加资源的分配与性能的提升是成正比的,实现了最优的资源配置后,在此基础上再考虑进行后面论述的性能调优策略. 资源的分配在使用脚本提交Spark任务时进行指定,标准的Spark任务提交脚本如代码清单2-1所示: 代码清单2-1 标准Spark提交脚本 /usr/opt/modules/spark/

这里以火山图为例进行说明,在转录组分析中,火山图是很常见的一类图,纵轴表示p_value,横轴表示log (fold change).单一的散点图绘制很简单,火山图比较难处理的地方就是一些基因的注释,基因越多,加文本注释越困难,因为文字会堆在一起,看不清. 示例数据df1是转录组做差异表达后的部分结果,df2将logFC绝对值大于0.3的挑出来了. > head(df1) p_val avg_logFC class gene cd avg_logFC_new2 p_val_new 1 1.628

一些参考资料 http://www.360doc.com/content/17/0528/22/19913717_658086490.shtml https://www.cnblogs.com/triple-y/p/9338890.html 一.对miRNA进行分析  1.bowtie比对 "bowtie -q -v 2 -l 10 -k 15 /data/pub/shehb/Spinach_genome/spinach_genome_v1.fa "+fq+" -S &quo

一.数据安全 术语----- 密钥:密钥是一种参数, 它是在明文转换为密文, 或将密文转换为明文的算法中输入的参数. 密钥分为对称密钥和非对称密钥(也可以根据用途来分为加密密钥和解密密钥) 明文:没有进行加密, 能够直接代表原文含义的信息 密文:经过加密处理之后, 隐藏原文含义的信息 加密:将明文转换成密文的实施过程 解密:将密文转换成明文的实施过程 数据安全----- 数据安全: 是一种主动的包含措施, 数据本身的安全必须基于可靠的加密算法与安全体系,主要是有对称算法与公开密钥密码体系两种(非

本文转载自:http://www.softeng.cn/?p=107 这是本人在学习ajax过程所做的笔记,通过本笔记的学习,可以完成ajax的快速入门.本笔记前端分别使用原生态的javascript语言和jQuery语言,服务器端使用PHP语言. 一.基础知识 1.创建XMLHttpRequest对象(不同的浏览器获取XMLHttpRequest方法不同) //创建ajax引擎 function getXMLHttpRequest() { var xmlhttp; try { //Firefo