做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

MYSQL存储过程,清除指前缀的定表名的数据 DELIMITER $$ DROP PROCEDURE IF EXISTS `drop_table`$$ ),)) BEGIN ) DEFAULT NULL; ) DEFAULT NULL; -- sql 语句 ) DEFAULT NULL; -- 保存获取的表名 -- 遍历数据结束标志 DECLARE done INT DEFAULT FALSE; DECLARE cur CURSOR FOR SELECT * FROM tmp_table_res

1.直接使用url,没用headers的请求 import requests url = 'http://www.baidu.com' # requests请求用get方法 response = requests.get(url) # 返回的content是字节 需要解码 data = response.content.decode() print(data) # 而text返回的是字符串类型 data = response.text print(data) 只有url的代码 2.有header

从页面中提取数据的核心技术是HTTP文本解析,在python中常用的模块处理: BeautifulSoup  非常流行的解析库,API简单,但解析的速度慢. lxml 是一套使用c语言编写的xml解析库,解析速度快,API相对比较复杂. Scrapy中的Selector类是基于lxml库建立的,并且简化了API接口.在使用的过程中先使用xpath或者css选择器选中页面中要提取的数据,然后进行提取. 提取数据 调用Selector或者SelectList对象的以下几种方法可将选中的内容进行提取

一个简单的例子! 环境:CentOS6.5 Hadoop集群.Hive.R.RHive,具体安装及调试方法见博客内文档. 1.分析题目 --有一个用户数据样本(表名huserinfo)10万数据左右:--其中有一个字段:身份证号(id_card)--身份证号前两位代表:省,例如:11北京,12天津,13河北:--身份证前x位对照表(表名hidcard_province)--要求1:计算出每个省份出现的次数,并按从大到小排序取前30个:--要求2:使用R画出柱状图. 2.编写Hive提取数据脚本:

因为有个日常提数,工作日每天都要从数据库中提取数据,转换为excel,再以邮件的形式发给用户. 刚好近期同事在研究使用kettle自动提数且完成邮件的发送,觉得很实用又挺有意思的就学了一下这个技能~ 首先我们需要新建 转换  转换: 可以将数据从数据库中提取到excel中  然后我们如果想要定时提取数据的话,可以新建 作业 作业: 可以定时执行转换任务,然后还可以将发送邮件耶~ (不过这个技能我还不是很熟悉,等我熟悉了再更新嘻嘻) 一 . 新建转换 1.点击 + 号 ,也就是新建 ,然后选择 转

XPath解析页面和提取数据 一.简介 关注公众号"轻松学编程"了解更多. XPath即为XML路径语言,它是一种用来确定XML(标准通用标记语言的子集)文档中某部分位置的语言.XPath基于XML的树状结构,有不同类型的节点,包括元素节点,属性节点和文本节点,提供在数据结构树中找寻节点的能力. 二.什么是 XPath? XPath 使用路径表达式在 XML 文档中进行导航 XPath 包含一个标准函数库 XPath 是 XSLT 中的主要元素 XPath 是一个 W3C 标准 三.使

在python语言中,用丰富的函数库来从文件中提取数据,这篇博客讲解怎么从csv, xls文件中得到想要的数据. 点击下载数据文件http://seanlahman.com/files/database/lahman-csv_2015-01-24.zip 这个一个美国棒球比赛的统计数据解压文件夹,我们选取AwardsManagers.csv来练习 #-*- coding:utf-8 -*- import csv DIR = 'data/' fname = 'AwardsManagers.csv'

可导出CSV格式数据 其它参考: http://blog.sina.com.cn/s/blog_4ae65b4d0100z8cg.html 其它曲线提取数据的软件还有: GetData.Windig .FindGraph.UN-SCAN-IT等 杨韬的学习备忘录 http://www.cnblogs.com/ytyt2002ytyt/p/3796508.html

在我提取数据时,数据是一串字符串,第一个数据和要比较的字符是相等的可是却是相反的结果 . 测试if(0==false)结果如图 执行结果 说明0和false相等.我的程序开始是这样的 第一个数据是正确的,能执行这个,所以不对,查手册得这个函数的返回结果 应该这样

//连接数据库 SqlConnection con = new SqlConnection("server=****;database=****;uid=sa;pwd=********"); /// <summary> /// 提取数据表保存为XML文件 /// </summary> /// <param name="sender"></param> /// <param name="e"&g

/// <summary> /// 获取请求参数字段 /// </summary> /// <typeparam name="T"></typeparam> /// <returns></returns> public static T GetRequestParas<T>() { T t = (T)Activator.CreateInstance(typeof(T)); if (HttpContext

从数据库提取数据通过jstl显示在jsp页面上 1.ConnectDB.java连接数据库,把数据转换成list public class ConnectDB { private final static String strDriver = "oracle.jdbc.driver.OracleDriver"; private final static String strConnect = "jdbc:oracle:thin:@localhost:1521:ORCL&quo

处理文本,提取数据的脚本 #! /bin/sh | sed 's/)<\/small><\/td><td>/\n/g' # 用换行符替换 # 删除带有分号的行 # 将数字两边的字符替换成换行符 # # 删除多余的东西,剩下的就是排名和积分 cat rankingtest > ranking.xls

同学用肉体一顿饭让我帮他做下这个DDL 样图是一张非常扭曲的三虚线图他甚至想OCR识别x轴y轴坐标单位 上谷歌查了查,对于曲线图提取数据基本上是手动在曲线上取几个点,然后由这个几个点开始遍历领域点,判断领域点是否是黑色,然后再遍历这个黑色点的领域,最终找出一条最长的线便是曲线,一种类似曲线拟合的做法? 知乎专栏提供了一种思路,先把曲线图上无关信息去掉,然后提取最大的连通区域,就是所需要的实线,只可惜样例图要做的是虚线. 第一种方法是同学AA想要的,不过英国人嘛,只告诉他要这样做,并没有告诉他基本

摘自 Ajax获取 Json文件提取数据 1. json文件内容(item.json) [ { "name":"张国立", "sex":"男", "email":"zhangguoli@123.com", "url":"./img/1.jpg" }, { "name":"张铁林", "sex&quo

在 R 中,关于网络爬虫最简单易用的扩展包是 rvest.运行以下代码从 CRAN 上安装:install.packages("rvest")首先,加载包并用 read_html( ) 读取 data/single-table.html,再尝试从网页中提取表格:library(rvest)## Loading required package: xml2single_table_page <- read_ _html("data/single-table.html&qu

import java.sql.Connection; import java.sql.DatabaseMetaData; import java.sql.DriverManager; import java.sql.ResultSet; import java.sql.ResultSetMetaData; import java.sql.SQLException; import java.sql.Statement; import java.sql.Types; //jdbc链接数据库,获取表

  一. 基本概念 1. Selector是一个可独立使用的模块,我们可以用Selector类来构建一个选择器对象,然后调用它的相关方法如xpaht(), css()等来提取数据,如下 from scrapy import Selector body= '<html><head><title>Hello World</title></head><body></body> </ html> ’ selector

这几天在上嵌入式课程设计,需要用到Qt,这个是信号与槽的,寒假的时候也简单学习了一些,但是没有怎么深入,又回过来看了看Qt,发现Qt的ui界面配置与Android的好像,当然Qt也可以拿来开发Android. 废话不多说了,直接上代码: 用正则表达式提取数据 void testRegexCapture() { QString pattern(“(.*)=(.*)”); QRegExp rx(pattern); QString str(“a=″); int pos = str.indexOf(rx

指定时间范围的数据提取,并做统计: 用servlet来提取数据,并作统计,然后用jfreechart画图. 使用的话,需要在web.xml里面配置相应的servlet,并且在index.jsp页面做引导 package drawtest_zwj; import java.awt.Font; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.io.PrintWriter; import java.sql