使用bioawk对基因组fasta序列ID(染色体/scaffold名称)排序?
2024-09-01 20:41:51
需求
已知某基因组序列,染色体或scaffold ID顺序不定,想要对其按数字排序。
原顺序:
想要的排序结果:
实现
使用bioawk,没有的话conda直接安装。
bioawk -c fastx '{print}' old.genome.fa | \
sort -k1,1V | awk '{print ">"$1;print $2}' >new.genome.fa
最新文章
- SQL Server AlwaysOn
- JSP中动态include和静态include的区别(简版)
- linux 查看所有用户
- python之fabric(二):执行模式(转)
- Java事件总线
- date 获取昨天日期
- Xcode部分插件无法使用识别的问题
- Spring+SpringMVC+Mybatis+MAVEN+Eclipse+项目完整环境搭建
- S3C6410嵌入式应用平台构建(四)——linux-3.14.4移植到OK6410-(初步启动)
- SQLServer 2008的组成
- AIX LVM学习笔记
- C#学习之-----再论委托
- 改变placeholder字体的颜色
- webrtc初探之一对一的连接过程(一)
- hdu 1880 魔咒字典
- 纯CSS箭头,气泡
- 【翻译】了解Ext JS 5的小部件
- Java开发笔记(五十七)因抽象方法而产生的抽象类
- web前端bug积累
- python之面向对象的高级进阶