文献阅读 | Resetting histone modifications during human parental-to-zygotic transition
Resetting histone modifications during human parental-to-zygotic transition
人类亲本-合子转变中组蛋白修饰重编程
MARINa (MAster Regulator INference algorithm)
MARINa
MARINA (Master Regulator Inference Algorithm) MAster Regulator INference algorithm (MARINa), designed to infer transcription factors (TFs) controlling the transition between the two phenotypes, A and B, and the maintenance of the latter phenotype. Expression at the mRNA level is often a poor predictor of a TF's regulatory activity and an even worst predictor of its biological relevance in regulating phenotype-specific programs. To obviate this problem, MARINa infers TF activity from the global transcriptional activation of its regulon (i.e. its activated and repressed targets) and its biological relevance by TF-regulon overlap with phenotype-specific programs.
获悉胚胎基因组激活前“基因组重启”后,团队进一步关注胚胎ZGA后转录调控通路,采用MARINa算法寻找了发育阶段特异性的转录激活因子,令人惊喜的是“分化转录通路图谱”正确预测了已知的胚胎细胞向EPI, PE 和TE分化相关转录调控因子,并鉴定了新的潜在转录因子可能调控细胞分化;团队进一步研究通过D5、D6和D7囊胚的TE与ICM发现ICM和TE不对称的表观遗传类型。研究团队结合染色质图谱和已发表的单细胞转录数据,预测了人类各谱系的关键调控因子。并发现在人囊胚的内细胞团和滋养外胚层中,许多内细胞团(包括上胚层和原始内胚层)的特异基因会被H3K27me3所标记,而滋养外胚层的特异基因则几乎没有这样的标记,揭示不同谱系基因在早期发育分化过程中具有差异性表观遗传调控,这种标记模式可能和不同谱系命运决定的差异相关。
参考:
《Science》:郑大一附院孙莹璞/徐家伟课题组、清华大学颉伟课题组合作研究揭示人类早期胚胎发育“表观基因组重启”机制
最新文章
- return exit _exit
- 韩服MU
- Java里的构造函数(构造方法)
- 前端优化:RequireJS Optimizer 的使用和配置方法
- signal函数、sigaction函数及信号集(sigemptyset,sigaddset)操作函数
- mysql 的存储引擎
- (转)常用CSS优化总结——网络性能与语法性能建议
- python 递归展开嵌套的序列(生成器用法)
- cura-engine学习(3)
- 如何选择合适的PHP开发框架
- gulp 运用 的理解
- UIScrollView的无限左滑轮播一点也不难
- 如何用ABP框架快速完成项目(3) - 为什么要使用ABP和ABP框架简介
- Vijos1755 靶形数独 Sudoku NOIP2009 提高组 T4 舞蹈链 DLX
- utf8_bin跟utf8_general_ci的区别
- jenkins cobertura单元测试
- npm 包下载的各种姿势
- Bootstrap(4) 表单和图片
- Angular4.+ ngx-bootstrap Pagination 自定义分页组件
- libco协程库上下文切换原理详解