Fractal Dimension|Relative Complexity|CG含量|重复序列|
2024-09-02 16:53:50
生物信息学-序列拼接方法
物理学方法
Fractal Dimension of Exon and Intron Sequences
--------------CGCGGCGTGTGTTATA --------------
数学方法：Relative Complexity in Exon, Intron and Flanks
序列复杂度依据不同组合出现的次数，windows变大之后发现coding比non-coding复杂度变多。
COINCIDENT INDEX OF EXON AND INTRON
密码学方法使用重合指数，指数高留下，指数低删去，发现效果很好：
多序列比较是多个序列一同比较
多种方法综合使用：
Challenge：
重复序列：
串联重复AGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC
散置重复AGCAGCAAAGGCCCTTAAAGCGGGGGGGAGGCGCGCAGCGCGAGC
重复在UNICQ marker中，剪切有marker的片段，就避免了重复的复杂性。
方向代表在模板链还是互补链上
Eg：脂肪酸网络填充，将细菌的全基因组得到，然后比对合成蛋白在脂肪酸网络上是否存在，如果有通路能够打通，则即可知该细菌能实现合成何种脂肪酸的功能。
高度重复序列在耐热菌内广泛存在：
生成蛋白的核酸GC含量与耐热相关高，所以推测这些蛋白与耐热性有关。CG含量反应活性，CG含量高则突变率高，比较活跃。蛋白质制作机器在高温下耐热。
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