circso 对数据进行可视化

circos可以用来绘制圈图，能够对染色体上的数据进行可视化，首先需要一个染色体的文件

染色体的文件如下，每列之间空格分隔

chr - chr1    chr1

chr - chr2    chr2

chr - chr3    chr3

chr - chr4    chr4

chr - chr5    chr5

chr - chr6    chr6

chr - chr7    chr7

chr - chr8    chr8

chr - chr9    chr9

第一列：表名这行数据是染色体的数据

第二列： -

第三列：染色体的名称，会显示在图上

第四列：染色体编号

第五列：染色体的起始位置

第六列：染色体的终止位置

第七列：染色体的颜色

在circos中有一些默认的颜色设置，用rgb设置一些默认的颜色名，可以在circos的安装目录的etc/colors.conf 文件中查看，比如chr1 的颜色设置保存在colors.ucsc.conf 中，内容如下

chr1  = ,,

chr2  = ,,

chr3  = ,,

chr4  = ,,

chr5  = ,,

chr6  = ,,

chr7  = ,,

chr8  = ,,

chr9  = ,,

chr10 = ,,

chr11 = ,,

chr12 = ,,

chr13 = ,,

chr14 = ,,

chr15 = ,,

chr16 = ,,

chr17 = ,,

chr18 = ,,

chr19 = ,,

chr20 = ,,

chr21 = ,,

chr22 = ,,

chr23 = ,,

chrX  = ,,

chr24 = ,,

chrY  = ,,

chrM  = ,,

chr0  = ,,

chrUn = ,,

chrNA = ,,

我们也可以自定义一些颜色的名称，将其添加到colors.conf 文件中保存即可，比如自定义颜色

sample1 = ,,

然后就可以使用sample1 作为颜色名了，在circos中还有很多颜色的名字，都是有规律的，比如

vvlred : very very light red

vlred : very light red

lred : light red

red : red

dred : dark red

vdred : very dark red

vvdred : very very dark red

常用的颜色red, green, blue, yellow 都支持上面的颜色定义, 除此之外，还有其他很多的内置颜色，详细信息可以查看circos安装目录下的/etc/colors.conf 文件查看，里面的注释部分详细说明了颜色的定义方式。

接下来定义想要展示的数据，这里展示基因在染色体上的区间信息，通过 tile 的方式进行展示

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

chr1

第一列：染色体名称

第二列：基因的起始位置

第三列：基因的终止位置

在下来准备突变位点的信息，用scatter 的方式进行展示

chr1   glyph_size=,fill_color=red

第一列：染色体名称

第二列：突变的起始位置

第三列：突变的终止位置

前三列的数据是必须的，第四列用来设置每个店的大小和颜色

最后是cir<<include colors_fonts_patt<ideogram>



<spacing>

default = 10u

break   = 2u

</spacing>

radius           = .9r

thickness        = 40p

fill             = yes

fill_color       = black

stroke_thickness =

stroke_color     = black

show_label       = yes

label_font       = default

label_radius     = dims(ideogram,radius) + .05r

label_with_tag   = yes

label_size       =

label_parallel   = yes

label_case       = lower

label_format     = eval(sprintf("%s",var(label)))

</ideogram>

<image>

<<include etc/image.conf>>

</image>

karyotype   = monkey_karyotype.txt

chromosomes_units = <plots>

<plot>

type            = tilefile        = genes.txt

r1          = .0r

r0          = .88r

orientation = out

layers      =

margin      = .02u

thickness   =

padding     =

layers_overflow       = hide

stroke_thickness =

stroke_color     = blue

color            = blue

</plot>

<plot>

type             = scatter

file             = scatter.txt

stroke_thickness =

glyph            = circle

max   =

min   =

r1    = .8r

r0    = .3r<rules>

<rule>

condition = var(value) <

glyph_size =

</rule>

<rule>

condition  = var(value) >  && var(value) <

glyph_size =

</rule>

<rule>

condition = var(value) >

gplyph_size =

</rule>

</rules>

<backgrounds>

<background>

color     = vvlgrey

y0        =

</background>

</backgrounds>

</plot>

</plots>

<<include etc/housekeeping.conf>>

直接在circos.conf的目录运行circos,就会生成circos.png 和circos.svg;

因为circos中没有添加图例的方法，只能手工添加，利用R绘制图列，再用windows自带的画图工具对图片进行剪裁，

最终效果如下：

巴特西

circso 对数据进行可视化

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