GWAS分析结果中pvalue/p.ajust为0时如何处理?
2024-09-02 14:34:38
在GWAS分析的结果中,偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点,这时如果直接做曼哈顿或QQ图,会出错,因为log0无意义。
此时,该如何处理?
如果你用的是Plink1.9来做的GWAS,可加一个参数:
--output-min-p 1e-99
,即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99,0也不例外。
如果你用的是其他软件,手动将结果改动。可先用NA填充,再以最小值或更小值替换,如:
dat[dat==0] <- NA
dat[is.na(dat)] <- min(dat$P,na.rm = T)*0.01
为何会出现pvalue为0的时候?好好想想。。。
最新文章
- js中各种宽度高度总结
- cocos2dx 3.x(移动修改精灵坐标MoveTo与MoveBy)
- 简单回忆一下JavaScript中的数据类型
- Android ViewFlipper的使用分析
- Google search
- ubuntu下安装GTK过程
- HDU-4675 GCD of Sequence 数学
- Linux svnserver存储路径和文件的详细解释
- LVS + keepalived(DR) 实战
- Python数据分析中 DataFrame axis=0(0轴)与axis=1(1轴)的理解
- GDKOI2016 游记
- Laravel设置软删除及其恢复系列操作
- xmanagr 注册机执行ubuntu 桌面程序,ubuntu无需安装 桌面环境
- CodeForces - 669D
- Java多线程并发最佳实践
- object对象转string字符串
- 20 道 Spring Boot 面试题
- Android 屏幕适配:最全面的解决方案
- 【WIN10】Storyboard動畫板
- 微信小程序 - WapRequest.js