原来sed不支持非贪婪匹配

场景

从GISAID上面批量下载下来的序列id很长，格式如下：

太长了，并且makeblastdb的时候-parse_seqids参数会导致报错，大概是长度太长不符合要求无法处理之类的。

不作处理去掉-parse_seqids也没问题，不过怕后期引起不必要的麻烦，这个时候就需要处理一下这些id

sed

想着直接sed处理一下就好，因为有两个“|”存在，结果发现sed没法做到非贪婪……

grep '>' ../gisaid.fasta|sed s/hMpxV.*?\|//g|less

没效果啊~

添加-r用扩展的正则也没用~

看help，sed也没有-p参数……

原来sed并不支持“非贪婪”的正则，有地方是这么解释的：

https://www.codenong.com/40117611/

https://qa.1r1g.com/sf/ask/2808232801/

大概就是说非贪婪匹配是通过perl的PCRE引入主流的，而sed的规范比PCRE早了好几年……

有点难以令人信服……

解决

不支持就绕道吧，不要中间有“|”就得了

grep '>' ../gisaid.fasta|sed s/hMpxV[^\|]*\|//g|less

就这样吧

sed -i s/hMpxV[^\|]*\|//g gisaid.fasta

sed -i s/\|.*//g gisaid.fasta

巴特西

原来sed不支持非贪婪匹配

场景

sed

解决

最新文章

热门文章