单端测序(Single- ead)和双端测序(Pai ed-end和Mate-pai )的关系
Roche 454,Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中,Roche454的单端测序读长可以达到400p,经常用于基因组骨架的组装,而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap。下面以solexa为例,对单端测序(Single-ead)和双端测序(Paied-end和Mate-pai)进行介绍。
Single-ead、Paied-end和Mate-pai主要区别在测序文库的构建方法上。
1、单端测序(Single-ead)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500p的片段,引物序列连接到DNA片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flowcell上生成DNA簇,上机测序单端读取序列。
2、Paied-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点,在第一轮测序完成后,去除第一轮测序的模板链,用对读测序模块(Paied-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增,以达到第二轮测序所用的模板量,进行第二轮互补链的合成测序。
3、Mate-pai文库制备旨在生成一些短的DNA片段,这些片段包含基因组中较大跨度(2-10k)片段两端的序列,更具体地说:首先将基因组DNA随机打断到特定大小(2-10k范围可选);然后经末端修复,生物素标记和环化等实验步骤后,再把环化后的DNA分子打断成400-600p的片段并通过带有链亲和霉素的磁珠把那些带有生物素标记的片段捕获。这些捕获的片段再经末端修饰和加上特定接头后建成mate-pai文库,然后上机测序。
所以,read1 read2 是由测序文库构建决定的。
参考:http://www.ggdoc.com/5Y2V56uv5rWL5bqP5ZKM5Y_M56uv5rWL5bqP0/YzAwNzU4ZWQ4NDI1NGIzNWVlZmQzNDQw0/
最新文章
- ACM-南京理工大学第八届程序设计竞赛-网络赛(2016.04.17)
- 网络同步带来的bug
- 【Cocos2d-Js基础教学(7)界面UI更新方法(会用到第三方类库)】
- andriod arcgis加载影像TIF
- 子iframe刷新父ifrmae的方法
- Hibernate3中将指定的HQL语句转换成SQL语句
- 一款多浏览器兼容的javascript多级下拉菜单
- Linux 命令 - top: 动态显示进程信息
- JY01-KX-01
- 2015第23周一SVN插件安装
- 数组初始化(c, c++, gcc, g++)
- APP端的网络优化(DNS优化,HTTP优化)
- Flask入门之结构重组(瘦身)-第13讲笔记
- hdu3652 数位dp记忆化搜索
- JVM-如何判断对象存活与否与CMS收集器和G1收集器的区别
- Android--获取手机联系人和Sim卡联系人
- 11175-From D to E and Back(思维)
- vscode vue eslint 快捷键格式化代码
- CentOS下配置redis允许远程连接
- tomcat启动(一)startup.bat|catalina.bat分析
热门文章
- java项目对jar包加密流程,防止反编译
- Oracle控制文件冗余
- 使用rsync在linux(客户端)拉取windows(服务端)数据
- Docker入门详解(转载)
- laravel----------carbon时间类的使用介绍
- linux----------fedora 27 如何启用输入法
- Linux设置定时任务
- 微信公众平台开发教程(一)_微信接入校验以及token获取
- [PHP] 编写爬虫获取淘宝网上所有的商品分类以及关键属性 销售属性 非关键属性数据
- 如何在Jenkins上配置一个可以从其它Job取回Artifact的Job