maker使用说明书
2024-09-01 23:11:14
1、以自带的示例数据为例
dpp_contig.fasta
dpp_est.fasta
dpp_protein.fasta
te_proteins.fasta
2、生成控制文件
控制文件是特定于运行的，需要为每个带有MAKER注释的基因组生成一组单独的控制文件。MAKER将在当前工作目录中查找控制文件，因此建议在包含每个基因组的唯一控制文件的单独目录中运行MAKER。
maker -CTL
les maker_exe.ctl
您将看到许多MAKER支持的可执行程序的名称及其位置的路径。如果您正确地遵循了安装说明，包括安装必备程序的说明，那么应该会自动显示所有可执行路径。但是，如果PATH环境变量中没有设置任何可执行程序的位置，那么按照安装说明，您将不得不手动将这些位置添加到maker_exe中。每次运行MAKER时都要执行ctl文件。
MAKER控件文件中的行具有format key=value，等号(=)前后没有空格。如果值是文件名，可以使用相对路径和环境变量，即snap=$HOME/snap。注意，对于所有控件文件，为帮助用户而编写的注释都以#开头。此外，等号(=)前的选项不能更改，等号前后也不能有空格。
les maker_bopts.ctl
在这个文件中，您将发现您可以编辑的值，用于BLAST的下游过滤和免除对齐。在文件的最顶部，您将看到我可以选择告诉MAKER是使用WU-BLAST还是NCBI-BLAST。我们想把这个设置为NCBI-BLAST，因为这是安装的。我们可以只保留其余的值作为默认值。
maker_opts.ctl
这是主要配置文件。这里，我们需要设置我们将使用的基因组、EST和蛋白质输入文件的位置。这些来自提供的示例文件。如果您在类中遵循此方法，则可以替换maker_opts。ctl文件与opts.txt。我们还需要设置重复屏蔽选项，以及其他一些配置。稍后我们将更详细地讨论这些选项。如果您正在课外学习本教程，请在文本编辑器中调整以下值。
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