技术背景

由于创建软链接这个事情，在算法开发的日常中使用到的并不是很多，因此本文也是做一个简单的回顾。这里我们使用的案例是通过TMalign这个蛋白质打分文件，在编译好可执行文件之后，可以使用建立软链接的方法快捷的使用该可执行文件。

TMalign的下载与安装

TMalign可以给两个给定的蛋白质pdb文件进行评分：

$ TMalign out.pdb origin.pdb

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 * TM-align (Version 20220412): protein structure alignment          *

 * References: Y Zhang, J Skolnick. Nucl Acids Res 33, 2302-9 (2005) *

 * Please email comments and suggestions to yangzhanglab@umich.edu   *

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Name of Chain_1: out.pdb (to be superimposed onto Chain_2)

Name of Chain_2: origin.pdb

Length of Chain_1: 207 residues

Length of Chain_2: 207 residues

Aligned length= 207, RMSD=   0.00, Seq_ID=n_identical/n_aligned= 1.000

TM-score= 1.00000 (if normalized by length of Chain_1, i.e., LN=207, d0=5.35)

TM-score= 1.00000 (if normalized by length of Chain_2, i.e., LN=207, d0=5.35)

那么如果要使用该评分软件，需要从该链接中下载相关的文件，比如cpp文件和readme文件。下载到本地目录下之后，可以执行如下指令进行编译（如果是Mac可能需要去掉static）：

$ g++ -static -O3 -ffast-math -lm -o TMalign TMalign.cpp

编译之后就会在当前路径下生成一个名为TMalign的可执行文件：

$ ll

总用量 3036

drwxrwxr-x  2 dechin dechin    4096 5月   6 13:58 ./

drwxrwxr-x 11 dechin dechin    4096 5月   6 13:57 ../

-rw-rw-r--  1 dechin dechin    7387 5月   6 13:58 readme.c++.txt

-rwxrwxr-x  1 dechin dechin 2904224 5月   6 13:59 TMalign*

-rw-rw-r--  1 dechin dechin  182097 5月   6 13:57 TMalign.cpp

建立软链接

虽然这条指令很简单，但是需要注意的是一定要使用绝对路径，如果使用相对路径，会出现符号连接的层数过多的报错信息。另外如果要创建的软链接在/usr/bin之类的目录下的话，需要使用到sudo权限。具体执行指令如下：

$ sudo ln -s /home/dechin/tools/TMalign/TMalign /usr/bin/TMalign

一般/usr/bin是用户的系统路径，相比于不断的补充系统路径，这种建立软链接的方式会显得更加简洁。建立完软链接之后，就可以在系统的任一位置直接执行TMalign的指令了：

$ TMalign 

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 * TM-align (Version 20220412): protein structure alignment          *

 * References: Y Zhang, J Skolnick. Nucl Acids Res 33, 2302-9 (2005) *

 * Please email comments and suggestions to yangzhanglab@umich.edu   *

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Usage: TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb [Options]

Options:

    -u    TM-score normalized by user assigned length (the same as -L)

          warning: it should be >= minimum length of the two structures

          otherwise, TM-score may be >1

    -a    TM-score normalized by the average length of two structures

          T or F, (default F)

    -i    Start with an alignment specified in fasta file 'align.txt'

    -I    Stick to the alignment specified in 'align.txt'

    -m    Output TM-align rotation matrix

    -d    TM-score scaled by an assigned d0, e.g. 5 Angstroms

    -o    Output the superposition to 'TM_sup*'

            $ TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -o TM_sup

          View superposed C-alpha traces of aligned regions by RasMol or PyMOL:

            $ rasmol -script TM_sup

            $ pymol -d @TM_sup.pml

          View superposed C-alpha traces of all regions:

            $ rasmol -script TM_sup_all

            $ pymol -d @TM_sup_all.pml

          View superposed full-atom structures of aligned regions:

            $ rasmol -script TM_sup_atm

            $ pymol -d @TM_sup_atm.pml

          View superposed full-atom structures of all regions:

            $ rasmol -script TM_sup_all_atm

            $ pymol -d @TM_sup_all_atm.pml

          View superposed full-atom structures and ligands of all regions

            $ rasmol -script TM_sup_all_atm_lig

            $ pymol -d @TM_sup_all_atm_lig.pml

 -fast    Fast but slightly inaccurate alignment by fTM-align algorithm

   -cp    Alignment with circular permutation

    -v    Print the version of TM-align

    -h    Print the full help message, including additional options

    (Options -u, -a, -d, -o will not change the final structure alignment)

Example usages:

    TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb

    TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -u 100 -d 5.0

    TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -a T -o PDB1.sup

    TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -i align.txt

    TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -m matrix.txt

    TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -fast

    TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -cp

总结概要

编译安装源代码为可执行文件时，有时候会遇到想把可执行文件放在特定的路径下的问题，比如放到/usr/bin目录下，这样可以全局可调用，又不需要手动添加各种乱七八糟的系统路径。这就需要使用到Linux中的软链接的功能，通常使用ln -s的指令即可。本文顺带介绍了蛋白质结构评分软件TMalign的源码下载和安装使用的基本方法，编译成一个可执行文件后，可以建立一个软链接，在系统各处都可以使用，是一个比较基础的操作。