bowtie2用法
2024-10-21 12:01:36
bowtie2的功能:短序列的比对
用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>]
$bowtie2 -x ./index/GCF reads.fa -S ./bowtie2
#-x的写法:index文件夹下,bt2的文件名是GCF。
#-S的目录必须先建立,不会自动建立。
-x <bt2-idx>:参考基因组的索引路径
{-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>}:比对的reads路径。-1,-2是针对PE reads;-U是针对SE reads(unpaired)
[-S <sam>]:输出文件路径
常用options:
-q:输入文件为.fastq格式,默认选择。
-f:输入文件为.fa/.mfa文件
--end-to-end entire read must align; no clipping (on) #比对是将整个read和参考序列进行比对. 该模式--ma的值为0,与--local 是非彼即此关系,默认选择。
--local local alignment; ends might be soft clipped (off) #该模式下对read进行局部比对, 即read两端的一些碱基不比对,使比对得分满足要求. 该模式下–ma默认为2. 与--end-to-end 是与非彼即此关系,默认缺省。
参考文章:
http://bio-infor.blog.163.com/blog/static/1072798152014397554959/
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