ms-data(转载)
转载:https://www.cnblogs.com/zll-52011/p/10960905.html
1.从美国矿物数据库下载矿物CIF(有晶格)
2.晶胞CIF导入MS
3.选择display style中的ball and stick视图
4.加键add bonds,看看有没有错。此步骤前根据需要是否补H
5.手动指定每个原子力场类型
edit-atom selection-比如选好H(先选不用区分类型的元素)
edit-edit sets-new(定义一个集)
View-Explorers-Properties Explorer-Filter选atom-改Forcefield Type(先点击那个原子集)
其他元素一样,对于要区分类型的,如O,自己判断ob与oh(与H连),atom selection时一个个按ctrl选择好,再edit sets.
6.所有键加好,原子类型定义好后,扩胞
Build-symmetry-supercell
7.这里MS的优化模块,无论时GULP还是Forcite模块力场经过我不懈的努力还是没法用,我们直接导出文件
File- Export-选择car.cor格式(会导出两个文件)
8.在服务器账号里创建一个文件夹kao(文件夹名称一定要和你导出来的两个文件名字一样,区分大小写),将kao.car和kao.cor放进去
9.将frc_files放在kao文件夹同一个目录
10.已编译msi2lmp.exe(珠海服务器)
11.进入工作目录kao
cd kao/
msi2lmp.exe kao -class I -frc clayff -ignore > out.log
生成后kao文件夹会有data生成,可检查一下data力场对不对,不对的话检查一下frc_files里面的clayff.frc参数准不准。
12.生成的data是没有电荷信息的,可以在VMD里设置并微调为0,或者在in文件中设置,也需要平衡电荷。
最新文章
- 移动端开发之APP消息推送
- 关于VI&;VIM的基本使用方法
- 理解ThreadLocal
- HTML 转文本及HTML内容提取(C#)
- [转] SQL Server游标的使用
- 《C/C++专项练习》 — (3)
- 源码(05) -- java.util.AbstractCollection<;E>;
- JVM菜鸟进阶高手之路三
- Java开发速度神器Lombok,Eclipse端安装使用教程
- 【建图+最短路】Bzoj1001 狼抓兔子
- next_permutation函数和per_permiutation函数
- bootstrap样式
- 微信小程序内容组件图标 icon
- 5 vue-cli整合axios的几种方法
- 微信小程序的图片懒加载
- Discuz showmessage函数解析[转]
- 使用 ruamel.yaml 读写 yaml 文档
- opensips编译安装时可能遇到的问题
- Linux cp命令
- Hadoop1.x安装配置文件及参数说明
热门文章
- TCP-三次握手和四次挥手简单理解
- Django学习路28_ .html 文件继承及<;block 标签>;,include &#39;xxx.html&#39;
- Python File flush() 方法
- mysql中走与不走索引的情况汇集(待全量实验)
- JavaWeb基础Day17 (JSP EL表达式 jstl标签库 beanutil工具类)
- Android html5和Android之间的交互
- 畅购商城(八):微服务网关和JWT令牌
- JS 移动端轮播图案例
- 正确认识springcloud的作用。分布式从了解架构到springcloud支撑
- 推荐:pyqt5入门教程