perl 多fasta文件匹配，并提取匹配文件第一条序列

目标如题，有多个fasta文件和一个文件名列表，将文件名列表中包含的文件匹配出来并提取第一条序列合并成一个fa文件。

这个采用perl实现，用法和代码如下：

  1 #!/usr/bin/perl -w

  2 use strict;

  3

  4 sub usage{

  5 	die "usage:perl $0 <fa.list> <Fasta_Dir> <merged.fa>\n",unless(@ARGV==3);

  6 }

  7 usage();

  8

  9 open LIST,"$ARGV[0]";

 10 open F,"$ARGV[1]";

 11 open OU,">$ARGV[2]";

 12

 13 my @listName=<LIST>;

 14

 15 my @files=glob("$ARGV[1]/*.faa");

 16 my $matchNum=0;

 17

 18 foreach my $k(@files){

 19 	my $fileName=(split /\//,$k)[-1];

 20 	if(grep /^$fileName$/,@listName){

 21 		$matchNum+=1;

 22 		open EACH,"$ARGV[1]/$fileName";

 23 		$/=">";

 24 		<EACH>;

 25 		while(<EACH>){

 26 			chomp;

 27 			my @info=split /\n/,$_;

 28 			my $seqID=shift @info;

 29 			my $seq=join "",@info;

 30 			print OU ">$seqID\n$seq\n";

 31 			last;

 32 		}

 33 		$/="\n";

 34 	}

 35 }

 36

 37 print "match: $matchNum files,and merge completed!\n";

 38

 39 close LIST;

 40 close F;

巴特西

perl 多fasta文件匹配，并提取匹配文件第一条序列

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