【基因组注释】同源注释比对软件tblastn、gamp和exonerate比较
2024-10-16 22:14:59
基因结构预测中同源注释策略，将mRNA、cDNA、蛋白、EST等序列比对到组装的基因组中，在文章中通常使用以下比对软件：
- tblastn
- gamp
- exonerate
- blat
根据我的实测，以上软件整体都比较慢。gmap可设置多线程来提升速度。tblastn虽然也可以，但对提速没什么影响。exonerate和gamp巨吃内存。
以下是跑的资源情况。我的组装基因组约400Mb。tblastn的查询序列311764条，gmap的查询序列1483791条，exonerate的查询序列43632条。
另有一款软件 spaln：https://github.com/ogotoh/spaln，据说很快。但文档比较费解，我懒得摸索，暂时还没用起来。
因此，我的建议是如果你的服务器配置很高，首选gmap多设线程。配置不高或者想快速获得结果情况下，可拆分query序列（蛋白/cDNA/mRNA/EST），进行并行比对，最后进行合并。尤其是tblastn之类的软件，必须这样才行。否则建议尝试用spaln（影响力较低，没用过，还不好说）。
最新文章
- 微信小程序-设备
- 关于学习C++编程语言对中国软件发展的的一些思考！
- 学习android开发笔记
- makefile文件编写
- 深入了解Qt（三）之元signal和slot
- 《APUE》中的函数整理
- Self-Paced Training (2) - Docker Fundamentals
- Android手机上判断网络运营商
- 1 Yoga3 系统装机总结.
- [BZOJ 5055]膜法师
- MyEclipse代码提示设置
- 基于tkinter的GUI编程
- Json的学习
- LINUX 学习笔记 账号与群组的管理
- 关于grub修复引导系统
- python+flask开发小白第二天
- Anya and Cubes CodeForces - 525E (双端搜索)
- UI设计教程分享：让你彻底读懂字体
- PHP解决中文乱码
- bzoj 2427 软件安装 - Tarjan - 树形动态规划