【只要有ENA千万别用NCBI】拆分SRA文件，通过SRAtoolkits
2024-08-25 02:13:22
只要有ENA千万别用NCBI！！！！
最近开始分析网上Download的数据，一开始用人家现成的GWAS数据，后来觉得反正自己的数据到手该做的也是要做的，出来混早晚是要还的，所以就开始从头分析一些SRA的数据，我以为会很简单，事实证明是我简单了。
首先我们下了这样的一串数据，*.sra格式：
-rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206512.sra
-rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206514.sra
-rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206516.sra
-rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206517.sra
-rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206518.sra
-rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206519.sra
这些数据需要把他们变成fastq格式我们才好下手，这些数据是双端有150，也有200bp的重测序，也就是说这里的数据是被称为paired-end的格式，我们在解包的时候就需要注意，一个不小心就把fastq的head弄得乱七八糟没法往下进行。
sratoolkit
在NCBI里下这个工具集，这里的工具都是分开的，也就是用哪个把路径复制到哪就可以了，而且需要make一下，安装完我们就可以用这个来进行SRA的解包工作了。
代码如下：
这里要注意使用--split-3 这个参数，只有用这个才能正确解开双端测序的包。
/home/genomics/sratoolkit.2.9.--ubuntu64/bin/fastq-dump.2.9. --split- <prefix>.sra
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