Ka/ Ks|同义替换的三种路径|kaks_Calculator|
2024-10-08 14:55:27
生命组学
研究old gene 和 young gene
CAI选择信号；CGmutation信号
Neutrality plot：CG3与GC1、GC2的关系：平：mutation；正相关：selection signal
Ks Ka
Ka/ Ks代表选择压力，Core gene Ka/ Ks比较小，即纯化选择（负选择）。
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热力学第二定律
利用二进制表示密码表，core gene的随机性更强（热二就是能量越强熵越大）
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Gene gain&loss&duplication time
鉴定essential gene，通过敲除的方式
positive selection：Old >young
In Young gene: single >duplication
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Gene age 与 signatures
使用PCA，发现GC最能解释其变异。
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同义替换的三种路径
找替换的方法：1.近似方法2.最大似然方法，
对同义位点的定义：
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Model selection考虑参数：
AIC
BIC
LRT：似然比检验
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Software kaks_Calculator
Dating the divergence time
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