sratookit
2024-09-02 09:32:51
sratookit
下载后解压
tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
移动到专门安装生物信息软件的目录下
mv sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64 ~/biosoft
加入环境变量
echo 'PATH=$PATH:~/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
测试
prefetch -v
下载测试文件SRR390728,默认存放在家目录下的ncbi文件夹中
prefetch -c SRR390728
转换sra文件的套路:
fastq-dump --gzip --split-3 -O path -A accession
-O 指定输出路径
--gzip 指定输出格式为gzip压缩格式(fastqc软件可以直接识别gzip压缩的文件)
--split-3 如果是双端测序数据,则输出两个文件,如果不是则只输出一个文件
具体到我们下载的数据:
for i in `seq 56 62`
do
fastq-dump --gzip --split-3 -O ./fastq/ -A SRR35899${i}.sra
done
以上命令在vim中编辑,保存为.sh文件后,通过bash运行,注意seq前的撇不是单引号
转换fastq
fastq-dump *.sra
转换fasta
fastq-dump --fasta *.sra
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