reference-based measure|Distribution-based measure|密码子使用偏向性
生命组学
密码子使用偏向性是指同义密码子使用频率不同。
影响因素：1.GC2.横向基因转移3.selection
转录偏好于多的tRNA。
同种氨基酸但有密码子使用偏向。
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发现密码子偏性的方法：
- 参考序列方法reference-based measure
CAI：从0到1，0就是偏向性最小，1就是偏向性最大。
Fop
RSCU
E(g)
问题：1.参考集定义不清楚
- Distribution-based measure
Nc
Nc’:bias程度max：20，min：61
CBI
卡方分析
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整个GC含量一致的情况下，在密码子的不同位置(3个位置)的GC含量都不同。
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该应用存在的问题：
没有考虑背景核酸组分
没有显著性判断
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CDC=1-cos()最后通过显著性检验来看偏性是否显著。
CDC在不同物种中的分布，找到CDC最高的，发现p-value值较小的都是线粒体中的gene。
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未来趋势的一些案例：
将gene分为young and old
同义替换和非同义替换
将gene特性与codon usage bias相关
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HK 的EIG和EVG的表达量更多，选择性更强。
15个GC-ending，第三位不是G就是C
有dnaE2的gene就是高GC 的gene，于是就发现了dnaE2。
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最好做宏观分析
放在种群里面，发现陆地菌的dnaE2的含量很高，dnaE2可以作为陆地菌的标志物，有dnaE2的菌的genome size比较大。
进化假说图 ：
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Summary dnaE family
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Pangenome：core genome+dispensable genome+strain-specific genome
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