Macroevolution|Silent changes|CNEs|Transposable elements|Neutral sites
2024-09-05 13:56:57
Interspecies genomic comparison
因为脊椎动物诞生早,在演化过程中有Macroevolution(因为自然选择或遗传漂变导致持续突变同时表型发生改变),但是存在一种基因缺失是因为基因的沉默现象(发生在中性位点),所以不易该基因是否有功能。比较基因组学在这里可以用于研究种群进化,基因型与表型的关系。
选择具有代表性的物种基因(高质量assembly)可以加剧基于共同背景(比如都吃竹子)的差异。Eg:浣熊与熊猫;虽然基因型不同,但有相同表型。Eg:负鼠基因组与人类,狗和老鼠基因组比较时,发现其在早年间的多样性分叉,同时发现其近期突变大多发生在保守的非编码区(来源于转座元件),所以可知转座元件是多样性的原因之一。Eg:对于鸟类的比较基因组学可以推测它们在短时间内有一个广泛辐射,导致编码区突变和断裂。Ps但另有找到一个单倍体与beak有关,所以并不确定。Eg:失而复得的鱼,比较基因组后发现其与四足动物的祖先有关系。
Silent changes:基因型改变但是表型不发生改变。
Conserved non-coding elements(CNEs):保守非编码区:调控元件的一部分
Transposable elements:转座元件,移动的DNA序列,可以插入基因组(所以影响基因表达,创建新的调控元件)。
Neutral sites:因为沉默基因,所以可以随意突变。
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