首先了解一下下面几个概念，讲得不太准确：
1、JVM
JVM是class以及jar(实际上就是很多个class压缩在一起)的运行环境，特征就是java和javaw命令，通过这两个命令，你可以执行class和jar文件。你可以通过-classpath参数指定你需要加载的jar文件

2、JDK
JDK就是JAVA的命令行开发环境，内置了JVM，特征就是javac命令，这个命令允许你将.java源文件批量或者单个编译成.class文件，从而可以通过JVM的java命令执行。在编译时你可以通过-classpath参数指定你的源代码依赖的jar文件。

3、Tomcat等JEE中间件
JEE中间件主要是为了让JAVA程序能够提供http服务、向客户展现html及相关资源而准备的一个运行环境，通常已经包含了JDK（或者像 tomcat一样需要配置JDK所在路径）.这个运行环境的特征是能够让你部署一个war包，运行环境能够自动加载WEB-INF/classes下 的.class文件和WEB-INF/lib下jar文件。当用户通过浏览器访问中间件中你的war包所部署的路径时，中间件能够按照J2EE标准调用你 的war包中的class和jsp页面，并将执行结果返回给浏览器。 在这种情况下你只需要将你的.java文件编译好放到WEB-INF/classes目录下。

然后说说纯文本JAVA WEB开发，有这么几种类型：
1、纯文本只有JSP
如果项目中只有jsp页面，就很稀松平常了，你只需要在tomcat的webapps下新建一个目录，然后在里面新建.jsp文件，就可以通过类似于 http://localhost:8080/app/a.jsp的方式执行这个jsp文件了。早期的JAVA WEB项目都差不多是这么干的，那时候IDE的用处确实不大。别的技术像ASP和PHP之类十几年了一直是用这种纯文本的方式来编写代码，效率和有IDE 没太大差别。

2、除了JSP还有辅助JAVA类
如果除了JSP以外，你还需要一些JAVA类来辅助JSP页面，这时候你必须手工新建.java文件，然后用通过文本编辑器（记事本/vi/UE等）打开 他，往里面手工写代码。你将代码写完后，还需要将这个.java文件编译成.class，然后才能放到WEB-INF/classes下执行，
有两种方式完成编译动作：
方式一：JDK+构建工具（ANT或者MAVEN），通过配置ANT调用JDK中的javac命令将你的JAVA代码编译成class并放置到你的WEB-INF/classes目录下
方式二：ANT实际上也是将你的配置转换成javac命令中的各种参数，所以你也可以直接在命令行输出javac，然后javac就会提示你需要提供什么样的参数以及各种参数有什么用途，你可以根据提示自己调用javac编译.java文件成.class文件。
两种方式效率都有点低，所以你还需要有一个.bat（或者.sh）批处理文件来帮助你每隔几十秒就自动编译一下指定目录下的.java文件。
你可能需要写的辅助JAVA类有：
一、全局性的ServletFilter（例如用于用户权限检查）
二、复杂输出的Servlet(jsp不适合用来动态向浏览器提供图片等资源，这时候写Servlet)
三、在JSP中使用的Tag类，以减少JSP中大量的<%%>代码。
这种类不会很多，一般项目能有二三十个就差不多了，所以最初写辅助类的痛苦时期过去以后，开发效率就和使用IDE没什么区别了

3、除了JSP还有大量JAVA类
你的系统比较庞大了，需要一些框架性的东西来进行总体约束，然后在按照框架的要求来编写大量的JAVA类，通过这些JAVA类来完成浏览器端的请求。
这时候你的系统状态已经比较类型与SSH这种形态了，每个页面都会有对应的Action/Controller，以及FormBean/Model，或者还有专门的Service/BL类和DAO类。
这样你的系统中就会有大量的.java文件需要编译成.class，而且要引用的jar数量也显著增加，这时候你作为一个没有IDE的人，痛苦就要来了：
大量的时间花在等待编译上了，无论是使用构建工具的增量编译功能还是自己写一个更强大的批处理文件来扫描改动过的类，每次编译都需要一点时间，并且都不是非常可靠。特别是“减量编译”通常都支持不好，可能会有潜在的错误。
如果每次都使用全部重新编译以得到可靠的编译结果，那么最好的做法是让你每个JAVA类都一次写完一次编译成功，如果多出几个错误或者多修改几次，你会发现编译用的时间就显著大于你写代码的时间。
这种情况下纯文本和IDE的开发效率会有显著的区别。
如果我必须在这种痛苦的纯文本条件下工作，我会先写一个JAVA类，让这个JAVA类单独开一个进程运行，这个进程会自动扫描相应目录下的java文件增/改/删,
然后调用sun.tools.javac.Main类来进行编译，如果只是新增和修改则只单独编译几个类，如果有删除则全部重新编译。

那么Eclipse做了些什么？
1、Eclipse提供了WEB项目工程向导，帮助你快速创建项目
2、Eclipse将你的WEB-INF/lib下的jar文件管理起来，并对其中的class类进行了索引，以便于你快速查看相关类的位置、继承关系、引用关系。
3、Eclipse提供一个完善的增量编译器，所写即所得。Eclipse当年能够胜出的一个重要原因就在他的编译器，Eclipse的JDT实现了自己 的编译器（因此Eclipse甚至都不需要JDK，只要有JVM就可以了）,能够快速、增量地将你对代码的修改反映到class文件上。这是当时的 JBuilder望尘莫及的，当时每次改完类都得重新编译一下，那个痛苦呀，当时我在公司引进Eclipse的时候，两个月之内大家就全部抛弃 JBuilder X了（当时花了钱买了正版）。
4、提供了完善的调试功能，基于IDE的调试效率会远高于命令行调试。
5、提供了语法加亮、语法提示、中间件管理等辅助工具。

1. 首先建一个文件夹作为工程名称，比如Hello好了，
2. 在Hello下建立WEB-INF文件夹。
3. 在WEB-INF文件夹下面建lib，classes两个文件夹，还有web.xml文件
4. 编辑web.xml的内容，有能力的，直接徒手写出来，不怕也就一个xml而已,请配welcome file为index.jsp。
5. 在Hello下新建一个index.jsp，编辑内容。

把Hello整个拷贝到tomcat的webapps下，启动tomcat，一个最简但的web项目就好了。

编写java类，你懂的，不多说了。假设我们用notepad创建一个HelloServlet.java，有能力的，直接徒手用记事本写出Servlet来。
编译java类，javac懂吧？如果类有多层的包结构，可以手动的在classes下创建包结构，然后把javac得到的class文件拷进去嘛。
javac -d . HelloServlet.java
该命令可以自动生成含有包结构的class文件，拷贝到classes文件夹就好了。
然后配置web.xml中的servlet。

这样，如果类很多的话，很累吧？工作效率很低？
请用Ant吧，写个合适的build.xml然后ant一下，真方便啊。