DNA比对

【编程题】(满分27分)

脱氧核糖核酸即常说的DNA，是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为：A、G、C、T。

DNA携带的遗传信息可以用形如：AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差，这才最终造就了生物的多样性。

为了简化问题，我们假设，DNA在复制的时候可能出现的偏差是（理论上，对每个碱基被复制时，都可能出现偏差）：

　　1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为：AGT

2. 错码，例如把 AGGT 复制成了：AGCT

3. 重码，例如把 AGGT 复制成了：AAGGT

如果某DNA串a，最少要经过 n 次出错，才能变为DNA串b，则称这两个DNA串的距离为 n。

例如：AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2

你的任务是：编写程序，找到两个DNA串的距离。

【输入、输出格式要求】

用户先输入整数n(n<100)，表示接下来有2n行数据。

接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。（每行数据长度<10000）

程序则输出n行，表示这n组DNA的距离。

例如：用户输入：
3
AGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCT
AGCTAAGGCCTT
AGGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCTT
AGCTTAAGGCTT

则程序应输出：
1
1
2

 #include <iostream>

 #include <cstdio>

 #include <cstdlib>

 #include <cstring>

 #include <cmath>

 #include <algorithm>

 #include <string>

 #include <vector>

 #include <set>

 #include <stack>

 #include <queue>

 #include <map>

 #include <ctime>

 #include <iomanip>

 using namespace std;

 const int INF=0x7ffffff;

 const double EXP=1e-;

 const int MS=;

 typedef long long LL;

 int dp[MS][MS]; 

 int minv(int a,int b,int c)

 {

     return a>b?(b>c?c:b):(a>c?c:a);    //  min(a,min(b,c))

 }

 /*

 ACT

 ACTT        dp[i][j]=dp[i][j-1]+1;

 ACTT

 ACT        dp[i][j]=dp[i-1][j]+1    丢失等效于增加

 ACT

 ACG      dp[i][j]=d[i-1][j-1]+1    

 */

 void solve(string &s1,string &s2)

 {

     int len1=s1.length();

     int len2=s2.length();

     for(int i=;i<=len1;i++)

         dp[i][]=i;

     for(int i=;i<=len2;i++)

         dp[][i]=i;

     for(int i=;i<=len1;i++)

     {

         for(int j=;j<=len2;j++)

         {

             if(s1[i-]==s2[j-])

                 dp[i][j]=dp[i-][j-];

             else

             {                //  增加         减少          修改

                 dp[i][j]=minv(dp[i][j-]+,dp[i-][j]+,dp[i-][j-]+);

             }

         }

     }

     cout<<dp[len1][len2]<<endl;

     return ;

 }

 int main()

 {

     int n;

     string str1,str2;

     cin>>n;

     while(n--)

     {

         cin>>str1>>str2;

         solve(str1,str2);

     }

     return ;

 }

巴特西

DNA比对

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