【解决办法】：
需要在要素居中显示之后、闪烁之前执行IScreenDisplay.UpdateWindow强制全刷，如：

//居中显示要素

IActiveView actView = axMapControl1.ActiveView;

IEnvelope envelpe = actView.Extent;

envelpe.CenterAt(pt);

actView.Extent = envelpe;

actView.Refresh(); 

//加入强制刷新，保证刷完后再执行其他语句

actView.ScreenDisplay.UpdateWindow(); 

//调用闪烁代码

IRgbColor rgbColor = new RgbColorClass();

rgbColor.RGB = 255;

FlashGeometry(pt, rgbColor, actView.ScreenDisplay, 500); 

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